پس از آنکه حوزه عظیم بغداد تأسیس شد، دانشگاه جندی شاپور تحت الشعاع واقع گشت و تدریجاً از بین رفت. خلفای عباسی پیش از آنکه بغداد دارالعلم بشود، از وجود منجمین و پزشکان همین جندی شاپور در دربار خود استفاده میکردند. ابن ماسویهها و بختیشوعها در قرن دوم و سوم هجری فارغ التحصیل همین دانشگاه بودند. پس ادعای اینکه دانشگاه جندی شاپور به دست اعراب فاتح از میان رفت، از کمال بیاطلاعی است.

ثالثاًدانشگاه جندی شاپور را علمای مسیحی که از لحاظ مذهب و نژاد به حوزه روم (انطاکیه) وابستگی داشتند اداره میکردند. روح این دانشگاه مسیحی رومی بود نه زردشتی ایرانی. البته این دانشگاه از نظر جغرافیایی و از نظر سیاسی و مدنی جزء ایران و وابسته به ایران بود ولی روحی که این دانشگاه را به وجود آورده بود روح دیگری بود که از وابستگی اولیای این دانشگاه به حوزههای غیر زردشتی و خارج از ایران سرچشمه میگرفت، همچنانکه برخی مراکز علمی دیگر در ماوراء النهر بوده که تحت تأثیر و نفوذ بوداییان ایجاد شده بود. البته روح ملت ایران یک روح علمی بوده است ولی رژیم موبدی حاکم بر ایران در دوره ساسانی رژیمی ضدعلمی بوده و تا هرجا که این روح حاکم بوده مانع رشد علوم بوده است. به همین دلیل در جنوب غربی و شمال شرقی ایران که از نفوذ روح مذهبی موبدی بدور بوده، مدرسه و انواع علوم وجود داشته است و در سایر جاها که این روح حاکم بوده، درخت علم رشدی نداشته است. در میان نویسندگان کتب ادبی و تاریخی و جغرافیایی درسی برای دبیرستانها که غالباً بخشنامه وار مطالب بالا را تکرار میکنند، مرحوم دکتر رضازاده شفق- که هم مردی عالم بود و هم از انصاف بدور نبود- تا حدی رعایت انصاف کرده است. مشارٌالیه در تاریخ ادبیات سال چهارم ادبی در این زمینه چنین مینویسد:

«در دوره ساسانی آثار دینی و ادبی و علمی و تاریخی از تألیفات و ترجمه بسیار بوده. نیز از اخباری که راجع به شعرا و آوازخوانهای درباری به ما رسیده است استنباط میشود که کلام منظوم (شعر) وجود داشته است. با