لكن، على رغم اين جهات امتياز (وچه بسا جهات امتياز ديگرى كه در اين دو گونه تقسيم‌بندى وجود دارد)، جهات اشكال متعدّدى در اين دو تقسيم‌بندى وجود دارد. ما ابتدا به اشكالات مشترك دو تقسيم، سپس به اشكالات مختصّ به هر يك از دو تقسيم اشاره مى‌كنيم:

\* اشكالات مشترك‌ دو تقسيم عبارت‌اند از:

١. تقسيم‌بندى مسائل علم نبايد صرفاً بر اساس تنوّع و چگونگى مسائل علم مبتنى باشد؛ زيرا مسائل هر علمى ممكن است ازجهات گوناگون با يكديگر اختلاف و تفاوت داشته باشند. آنچه بايد اساس تقسيم‌بندى قرار گيرد تنوّعى است كه در ميان مسائل يك علم از لحاظ تنوّع اثر و غرضى كه در آن علم از آن مسائل انتظار مى‌رود وجود دارد. بايد ديد از مسائل علم اصول چه انتظارى مى‌رود و از همان جهت به تنوّع مسائل علم اصول نگريست.

در تقسيم‌بندى نوع اوّل يعنى تقسيم‌بندى «به لحاظ دليليت»- به تعبير استاد- كه بنابر آن مباحث اصول به مباحث: دليل لفظى، دليل عقلى، دليل استقرايى، دليل شرعى و اصول عملى عقلى تقسيم شده است معلوم نيست چه اثرى از اين جدا سازى مدّ نظر است كه در رابطه با غرض مورد نظر در علم اصول در ارتباط باشد؟! صرف اينكه اين پنج نوع دليل از نظر نوع دليليت و اينكه لفظى يا شرعى يا عقلى است با يكديگر متفاوت‌اند در نتيجه مورد نظر درعلم اصول نمى‌تواند كارساز باشد. در علم اصول هدف تنقيح قواعد استدلال فقهى است. آيا اين تنوع در دليليت در قواعد اصولى به دست آمده از هر نوع از اين ادلّه، از ناحيه نوع دخالت در استدلال فقهى اثرى دارد؟

به نظر نمى‌رسد بر اين تنويع به ترتيبى كه استاد شهيد بيان فرموده‌اند اثرى اينچنين بار شود. اگر هم، چنين باشد؛ در بيانات ايشان بدان پرداخته نشده است و براى ما نامعلوم است.

تقسيم‌بندى «به لحاظ نوع دليل» نيز با همين مشكل روبروست‌[١].

[١] . زيرا عقلى بودن دليل يا شرعى بودن آن منشأ تفاوتى در نتيجه استنباط فقهى نمى‌شود، اگرچه اماره بودن يا اصل عملى بودن دليل منشأ تفاوت در نتيجه فقهى است لكن اين تقسيم فرعى است، تقسيم اصلى، تقسيم مبنى بر تفاوت عقلى بودن يا شرعى بودن دليل است.