على‌رغم دقّت‌هايى كه محقّق خوئى در اين تعريف، به عمل آورده، شاگرد نابغه ايشان، يعنى استاد شهيد محقّق صدر (رحمة الله عليه) اين تعريف را نيز وافى نمى‌داند و اشكالاتى از قرار ذيل بر اين تعريف وارد كرده است:

اشكال اوّل‌: عدم جامعيت تعريف است؛ زيرا تعريف محقّق خوئى، نه تنها حجّيت ظهور را خارج مى‌كند؛ بلكه بسيارى ديگر از مباحث اصولى، نظير: مباحث مربوط به «تعيين أقوى الظهورين» كه منقّح موضوع «قواعد جمع عُرفى» است- نظير: مباحث «عام و خاص»، «مطلق و مقيد» و «حكومت و ورود»- را از مباحث اصول، خارج مى‌كند؛ زيرا كلّيه اين مباحث، صغراى مباحث جمع عُرفى و تعارض غير مستقر را تنقيح مى‌كنند كه بدون ضميمه كبريات باب قواعد جمع عرفى، به نتيجه فقهى، منتهى نمى‌شوند.

ممكن است محقّق خوئى بگويد كه: قواعد جمع عرفى- نظير «حجّيت ظهور»- از امور مسلّم و از مرتكزات عقلايى است، لذا مورد اتفاق است و نياز به بحث در اصول ندارد.

پاسخ‌ اين است كه: مسلّم بودن يا ثابت بودن يك مسئله علمى، موجب خروج آن، از مباحث علم، نمى‌شود و گرنه، معنايش اين است كه در تعريف علم اصول بگوييم: آنچه در اين علم مورد نزاع است، جزو مباحث علم اصول است كه در اين صورت، نيازى به تعريف و بيان ضابط مسئله اصولى، نيست.

علاوه بر اين، تعدادى ديگر از مباحث لفظى اصول- نظير: مباحث «مشتق»، «صحيح و اعم»، «ادوات عموم» و امثال آنها- از تعريف خارج‌اند؛ كه خود محقّق خوئى به خروج آنها از تعريف، مقِرّ و معتَرِف است؛ لكن مى‌گويد: اينها از مسائل اصولى نيستند و دليل اينكه در اصول از آنها بحث شده است، اين است كه جاى ديگرى براى بحث درباره آنها، نبوده و لذا در اصول، در مورد آنها بحث شده است.

مرحوم شهيد صدر مى‌فرمايند: اگر بنا بود عدم بحث درباره يك مسأله در جايى ديگر، دليل كافى براى بحث آن در علم اصول باشد، در تعريف علم اصول، نيازى به تعريف و تحديد ضابطه نبود، و كافى بود گفته شود: چون اين مباحث، در استنباط دخيل بودند و در جايى ديگر از آنها،