آزادى و اختيار مجلس در انتخاب وجود داشت. پس از آن، با بحث‌ها و رايزنى‌هاى مختلف، جناب آقاى مهندس مير حسين موسوى به عنوان نخست وزير انتخاب و از طرف مجلس نيز رأى اعتماد گرفت.
همچنين، اين قبيل مشكلات در قوه قضائيه نيز وجود داشت و مسؤوليت‌ها به خوبى روشن نبود. به طور مثال، در قوه قضائيه اگر مشكلى پيش مى‌آمد، رئيس ديوان عالى كشور پاسخ‌گو نبود و مى‌گفت: من ١٥ مديريت قوه قضائيه هستم. همچنين دادستان كل كشور و بقيه اعضاى شوراى عالى قضايى نيز پاسخ گو نبودند راى جابجايى يك قاضى، مى‌بايست ٥ نفر اعضاى شوراى عالى قضايى رأى مى‌دادند. از ان رو، مديريت در كارهاى قضايى نيز با مشكلاتى مواجه بود. به طورى كه حضرت امام در سال ١٣٦٧ ناگزير شد كه گروه‌هايى را براى رسيدگى قضايى تعيين و اعزام كند و اقداماتى را نيز به طور مستقيم بر عهده گرفتند.
تشكيل دادگاه ويژه روحانيت نيز معلول چنين مشكلاتى بود كه در قوه قضائيه وجود داشت. در نهايت مقرر شد كه تقسيم كارها با نظر حضرت امام قدس سره صورت پذيرد. از آن پس دادگاه انقلاب به يك بخش، كار دادگسترى به بخشى ديگر و سازمان‌هاى وابسته به قوه قضائيه نيز به يك نفر از اعضاى شوراى عالى قضايى محول شد. اين تقسيم كار، تا حدودى از مشكلات قوه قضائيه كاست و كارها بهتر انجام مى‌گرفت.
همچنين، بحث در رهبرى از معضلات ديگر قانون بود. زيرا در قانون اينگونه پيش بينى شده بود كه اگر صلاحيت فردى براى رهبرى محرز نشد، به طور «شورايى» باشد. با توجه به اين كه در سطح عالى كشور، وجود «شوراى رهبرى» با مشكلات بسيارى رو به رو خواهد شد و از طرفى در قانون اساسى نيز پيش بينى شده بود، خوشبختانه در مجلس بازنگرى واصلاح قانون اساسى، موضوع شورايى بودن منتفى شد.
همچنين اداره صدا و سيما در قانون اساسى، به طور «شورايى» مطرح بود كه بحث تبليغات كشور، مدتى با شكل جدّى روبرو شد واز سوى قواى سه گانه افرادى انتخاب و به عنوان شورا اين مركز مهم را اداره مى‌كردند.
بازنگرى قانون اساسى‌ وقتى اين مشكلات بيشتر محسوس شد، امام بازنگرى در قانون اساسى را در دستور