روحانيت و مردم به ميدان آمدند و قصد براندازى حكومت پهلوى داشتند تا در صورت پيروزى، قبضه قدرت را به‌دست گرفته و روحانيت را كنار بزنند. مهندس بازرگان به‌عنوان يكى از اين روشنفكران در كتاب «انقلاب در دو حركت» آورده است: «در پاريس خدمت امام رسيدم و توضيح دادم كه آمريكا هرگز نخواهد گذاشت كه ايران از دستش خارج شود و بهتر است به‌گونه‌اى نظر اين كشور را جلب كنى! امام، طورى با من برخورد كرد كه گويا قدرتى به نام آمريكا روى زمين وجود ندارد؛ (ايشان بدون اين كه جوابى دهد) به من گفت كه قبل از شما آقاى مطهرى اينجا بود به ايشان گفتم برود و شوراى انقلاب تشكيل بدهد و شما هم جزو شوراى انقلاب هستيد. يعنى شهيد مطهرى رئيس شوراى انقلاب مى‌شود.» از اين رو، اولين كسى هم كه پس از پيروزى انقلاب اسلامى به شهادت مى‌رسد، شهيد مطهرى است. بعد از پيروزى انقلاب، دولت موقت كه از همين روشنفكران تشكيل شده بود، قصد داشت تا روحانيت را به‌طور كامل كنار گذاشته و خود قدرت را بدون مداخله اسلام و روحانيت اداره كند. از اين رو، بازرگان از امام خواست تا به قم رفته و در دولت دخالتى نداشته باشد. در همين زمان، تبليغات روزنامه‌ها عليه روحانيت شروع شد. نكته قابل تذكر اينكه: الآن افرادى معتقدند حمله كنونى روزنامه‌ها و روشنفكران عليه روحانيت به‌خاطر عملكرد آنان است. اما در جواب اينان بايد گفت: آيا در اول انقلاب كه هنوز هيچ روحانى‌اى مسؤول كارى در دولت موقت نبود، تبليغ آنان عليه روحانيت، نتيجه عملكرد روحانيون بود؟ مرحوم امام قدس سره در آن زمان سخت آنان را ملامت كرد و آنان را از حرمت‌شكنى روحانيت برحذر داشت. حتى گروه منافقين كه جنايات بسيارى در انقلاب مرتكب شدند و ترورهاى بسيارى كردند، مورد حمايت بازرگان و نهضت آزادى قرار مى‌گيرند و اين به اصطلاح روشنفكر، در بهار ١٣٦٠ در سرمقاله روزنامه «ميزان» از منافقين به عنوان «فرزندان مجاهد عزيز خود» ياد كرد و ما اكنون نيز مى‌بينيم كه نهضت آزادى، هيچ‌گاه جنايات منافقين را محكوم نكرده و نمى‌كنند.
گروه مذكور تا سه سال اول انقلاب اسلامى تلاش‌هاى فراوانى نمود و با برخوردهاى شديد عليه روحانيت، كه به‌طور شاخص مى‌توان به شهيد بهشتى اشاره كرد، قصد كنار