با رئيس جمهورى هماهنگ باشد!» و در اين راستا، اقدام به ايجاد حزبى به «نام دفتر هماهنگى مردم با رئيس جمهور» كرد. يعنى به گونه‌اى برنامه ريزى شد كه رئيس جمهور با مردم هماهنگ نيست! بلكه مردم بايد با او هماهنگ باشند و دفتر هماهنگى او به عنوان يك حزب دست ساخته رئيس جمهور، كار تبليغ براى تسخير مجلس شوراى اسلامى‌را در پيش گرفت. زيرا انتخابات مجلس بعد از انتخابات رياست جمهورى در سال ١٣٥٨ بود. از اين رو، دفتر هماهنگى معتقد بود مجلس بايد همسو با رئيس جمهور انتخاب شود. چون رئيس جمهور را مردم انتخاب كرده‌اند و دوازده ميليون رأى دارد و مجلس نمى‌تواند در مسير مخالف رئيس جمهور باشد.
بعد از انتخابات و تشكيل مجلس، مشخص شد كه اعضاى مجلس همسوى با رئيس جمهور انتخاب نشده‌اند و اكثريت مجلس اين همسويى را نداشتند و در نتيجه مجلس به شكل مطلق در اختيار اين حزب قرار نگرفت.
بنابراين، در همان اوايل كار در انتخاب اعضاى دولت و حق مجلس براى رأى دادن به دولت، اولين اختلاف رئيس جمهور با نمايندگان آشكار شد. به طور مثال، در تعيين نخست وزير كه حق رئيس جمهور بود و مى‌بايست به تأييد مجلس برسد، به هنگام گرفتن رأى اعتماد، درگيرى‌ها و بحث‌هاى بسيارى درگرفت.
مدتى كشور گرفتار اين بحران بود. زيرا بنى‌صدر به عنوان رئيس جمهور، قصد داشت كه آقاى سلامتيان از اعضاى دفتر خود را براى نخست وزيرى معرفى نمايد و مى‌دانست كه مجلس به او رأى اعتماد نخواهد داد. از اين رو، به ترفندهاى ديگرى متوسل شد. از جمله اينكه مرحوم حاج سيد احمد خمينى، فرزند امام را به عنوان نخست وزير معرفى كرد تا بتواند هم مجلس را متقاعد كند و هم نقشه‌هاى خود را به راحتى عملى سازد. اما حضرت امام كه از تيزبينى و فراست بالايى برخوردار بود، به شدت با اين پيشنهاد مخالفت كرد و اين طرح بنى صدر با شكست مواجه شد.
عاقبت، بنى صدر مجبور شد تا مرحوم شهيد رجايى را براى نخست‌وزيرى برگزيند و پس از رأى اعتماد مجلس، كابينه دولت را معرفى كند. در نتيجه بحران‌هاى داخلى به خاطر تقسيم مسؤوليت و قدرت ميان مسؤولان قواى سه گانه محسوس شد.
همچنين مشكل ديگر اين بود كه پس از تأييد نخست وزير از سوى مجلس،