بشود، اصلًا رائحه‌اى از فقه شيعه به دماغش نخورده است و معلوم است كه او از فقه شيعه آگاهى كافى ندارد. چون هيچ فقيهى منكر يا مخالف آن نيست.» پس شيخ انصارى كه مجتهد بزرگ عصر خود و بلكه خاتم المجتهدين است، به‌طور قطع منكر و يا مخالف آن نيست. اگر چه ممكن است در اصل و شكل‌گيرى آن نظرى خاص داشته باشد. در تأييد اين مطلب مى‌توان به نظر ايشان در كتاب مكاسب در باب اختيار فقيه در واگذارى مال مجهول المالك به يتيم مى‌توان، اشاره كرد. در اصل، شيخ انصارى منكر ولايت فقيه نبوده و تنها درباره يكى از رواياتى كه به عقيده برخى از علما، ولايت فقيه با آن اثبات مى‌شود، اين است كه: «به نظر من با اين روايت نمى‌توان ولايت فقيه را اثبات كرد.
معناى اين نظر، نفى ولايت نيست. زيرا انصارى در كتاب خمس مى‌گويد: «در بين اصحاب و فقهاى شيعه معروف است كه علما، نايبان ائمه عليهم السلام هستند.» پس وقتى ائمه عليهم السلام حق حكومت داشته‌اند، نايبان آنان نيز چنين حقى خواهند داشت.
همچنين بعضى مدعى شده‌اند كه مرحوم آيت الله خويى مخالف ولايت فقيه بوده و آن را نپذيرفته است! در صورتى كه تقريرات شاگردان او خلاف اين ادعا را ثابت مى‌كند.
مجتهدينى چون: ميرزا جوادآقا تبريزى، مرحوم سيد عبدالاعلى سبزوارى و آيت‌الله معرفت كه از شاگردان ايشان بوده‌اند، ولايت فقيه را مورد قبول آيت‌الله خويى مى‌دانند.
حتى آيت‌الله معرفت در كتاب خود به‌نام «ولايت فقيه»، بحثى از مرحوم خويى آورده است كه ايشان مخالف ولايت فقيه نبوده است. تنها در مورد روايتى كه اختيارات ولى فقيه را ذكر كرده است، با حضرت امام قدس سره اختلاف نظر دارد. اما اين نكته كه تصدّى امور عامه و اجراى حدود اجتماعى و احكام شرعى كه كار حكومت است بايد در عصر غيبت به دست فقيه جامع‌الشرايط مبسوط اليد باشد، آن را از ضروريات شرع و عقل مى‌داند و امور حسبيّه را قدر متيقَّن وظايف فقها قبل دارد. نظر آيت‌الله خويى در مورد امور حسبيّه نيز چنين است كه امور حسبيّه در هر زمانى متفاوت است. در واقع نيز اين‌چنين است زيرا در يك مقطع زمانى، ممكن است كه كفن و دفن ميت باشد كه هيچ كس عهده‌دار آن نيست و فقيه بايد اين كار را انجام دهد. و گاه زمان و دوران كشور دارى به گونه‌اى ديگر است و حكومت غير مشروع حاكم مى‌باشد. در اين شرايط فقيه بايد امور حسبيّه را به عهده داشته باشد و گاه اين‌طور است كه حكومت اسلامى اداره كشور