مى‌بايست افراد كابينه دولت را ابتدا رئيس جمهور تأييد نمايد و سپس مجلس به تك تك آنان رأى اعتماد دهد. ونيز مشكل ديگر آن دوره اين بود كه مرحوم شهيد رجايى درباره برخى از وزراء با بنى صدر به توافق نمى‌رسيد. حتى در كابينه دولت شهيد رجايى تا زمان عزل بنى‌صدر، كه يكسال و اندى به طول انجاميد، وزيراى خارجه و دفاع معرفى نشدند و تصويب وزير بازرگانى نيز مدتها با مشكل رو به رو بود! يعنى در دوره جنگ كه وزارت خارجه و وزارت دفاع و وزارت بازرگانى عهده‌دار حساس‌ترين مسائل كشور بودند، تا زمان رئيس جمهورى بنى صدر اين وزارت‌خانه‌ها بدون وزير بود! شما مى‌توانيد مشروح بحث‌ها و درگيرى‌هاى رئيس جمهور و نخست وزير آن زمان را در كتاب «مكاتبات شهيد رجايى با بنى صدر»، مطالعه كنيد.
از جمله مشكلات ديگر آن زمان، مداخله رئيس جمهور در قوه قضائيه بود كه وى به عنوان مجرىِ قانون اساسى قصد دخالت در امور قوه قضائيه و شوراى عالى قضائيه را داشت. البته بعضى از دخالت‌هاى او در چارچوب تذكرات قانون اساسى و مورد ت بصيرت پرچمداران ٣٥١ منشأ مخالفت‌ها با نظارت استصوابى ص : ٣٥٠ أئيد بود و از اين نظر اين كه فرد دوم كشور است، اين كنترل قضايى را هم دنبال مى‌كرد و مداخلات در قوه قضايى هم پيش آمد. اما بعضى مداخلات و درگيرى‌هاى ديگرى هم بود كه در نهايت به يك مسأله سياسى تبديل شد.
مشكلات موجود دراين دوره، درس عبرت و تجربه‌اى بود كه براى نظام كسب شد.
به عنوان نمونه، به اين نتيجه رسيدند كه در كشور، نخست وزير و رئيس جمهور در آن سطح از اختيارات نمى‌توانند كار كنند و ما به يكى از آن دو نياز داريم‌با تبديل آن دو، شايد با مشكلات كمترى مواجه شويم. زيرا در دوره‌هاى رياست جمهورى بعدى نيز، مسأله تعيين نخست وزير، خالى از مشكلات نبود. اما به دليل آن كه اين مسأله در درون نظام شكل مى‌گرفت و با حُسن نيت همراه بود و جريانات ضد انقلابى مداخله نداشت، مسائل به صورت كدخدامنشى و گاه مداخله امام و يا مداخله خالصانه اهل نظر حل مى‌شد و بحرانى در كشور به وجود نمى‌آمد.
به طور مثال، اولين نخست‌وزيرى كه مقام معظم رهبرى در دوره اول رياست جمهورى به مجلس معرفى كرد، نتوانست از مجلس رأى اعتماد بگيرد. و مجلس به اولين نخست وزير مقام معظم رهبرى فعلى ما كه رئيس جمهور بود، رأى اعتماد نداد. و