واصلاحات مورد نظر را اعمال نمايد و اگر اصلى خارج از پيش نويس هم قابل طرح و تصويب باشد، به آن بيفزايد. حضرت امام قدس س بصيرت پرچمداران ٣٤٢ توزيع قدرت در كشور و مشكلات آن ص : ٣٣٩ ره نيز به آنان اجازه فرمودند كه چون مردم شما را براى تصويب قانون اساسى نظام جمهورى اسلامى‌انتخاب نموده‌اند، حق داريد آنگونه كه به صلاح اسلام و جامعه مى‌دانيد، قانون تدوين و تصويب نماييد و بعد هم اين مسأله در يك همه پرسى با رأى مردم اعتبار خواهد گرفت.
در بحث‌هاى‌اوليه نمايندگان، روشن شد كه در پيش نويس قانون اساسى، بحثِ «اسلاميت» در همه قوانين مطرح نيست! علاوه بر آن، اصلًا بحث «ولايت فقيه» و بسيارى از اصول ديگر كه بعدها در قانون اساسى مطرح شد، در آن پيش نويس نيامده بود. در حقيقت دولت موقت مطابق افكار خود، پيش نويس را با ديدگاه‌هاى متمايل به غرب ارائه كرده بود. به همين خاطر، اكثر اعضاى مجلس خبرگان تصميم گرفتند تا اصلاحات و تغييرات جدّى در پيش نويس اعمال شود.
كار بررسى و تدوين قطعى قانون اساسى ميان كميسيون‌هاى كارى مختلف تقسيم شد و جلسات عمومى‌اين كميسيون‌ها، هر كدام مثل كميسيون‌هاى فعلى مجلس، بعضى از اصول قانون اساسى را بررسى كردند و همه نظرات مردم كه به دبيرخانه مجلس واصل شده بود مورد بررسى قرار گرفت. علاوه بر بررسى‌هاى قبل، كميسيون نيز بررسى ديگرى را انجام مى‌داد و مواردى را به تصويب مى‌رساند و اين مصوبات در جلسات عمومى‌و علنى مجلس نيزمورد بررسى وتصويب نهايى قرار مى‌گرفت.
اختلاف اصلى نمايندگان در تصويب قانون اساسى‌ بحث نمايندگان درباره تصويب مسائل مطروحه در قانون اساسى تا اندازه‌اى ميان نمايندگان مخالف و موافق شدت داشت. اما وقتى مسأله به اوج خود رسيد كه «اصل ولايت فقيه» و «مذهب رسمى كشور شيعه دوازده امامى» به تصويب رسيد؛ زيرا افراد اندكى به ولايت فقيه معتقد نبودند و آن را براى اداره كشور صحيح نمى‌دانستند. و شايد بيشتر به همين خاطر هم بود كه تلاش فراوانى از سوى بعضى جناح‌هاى سياسى صورت گرفت تا گروه‌هاى مذهبى كشور با يكديگر درگير شوند و به طور جدّى ميان شيعه و سنى اختلاف ايجاد كنند. البته تنش‌هايى نيز به وجود آمد و بعضى از جريانات از خودى‌