متّهم توبه نمى‌كرد، او را در آتش مى‌سوزاندند. اگر برخى به تثليث اشكال كرده و مى‌گفتند با توحيد سازگار نيست، او را زندانى و پس از شكنجه و اعدامش مى‌كردند. نظر افراد غير كليسا، اگر چه مطابق حق نيز بود، سخنى باطل محسوب و مرگ براى او صادر مى‌شد. جالب اينكه اناجيل موجود نه‌تنها كلام وحى نيست بلكه هر كدام از آنها در يك شرايط تاريخى شكل گرفته و داراى تعارض فكرى نيز هستند. عدّه‌اى كه طرفدار نظريه افلاطون بودند، يك نوع انجيل درست كردند. طرفداران ارسطو نيز انجيل ديگرى نوشتند. با اينكه اين اناجيل از پايگاه وحيانى برخوردار نبود، كليسا نسبت به آنها تعصّب بسيار شديدى داشتند! به‌طورى كه اطلاعات به‌دست آمده، حاكى است كه تعداد بسيارى از انسان‌ها به وسيله كليسا در آتش سوزانده شده‌اند. اينك به چند نمونه از اين وقايع وحشتناك اشاره مى‌كنيم.
در سال ١١٤٠ يعنى قرن دوازدهم، اسقف وقت تعدادى از افراد مخالف كليسا را زندانى كرد و بعد از مدّتى به بهانه اينكه پاپ به علت اعدام نشدن آنان خشم نگيرد، دستور داد زندانيان را زنده زنده در آتش سوزاندند.
همچنين در سال ١١٩٤، هانرى ششم امپراتور آلمان و در سال ١٢٠١ اتوى چهارم و در سال ١٢٢٦ لوئى هشتم پادشاه فرانسه كه فرامين آنها درباره قتل، تعقيب و مصادره اموال مخالفان كليسا در تاريخ ثبت و موجود است و نيز در سال ١٢٣٠ فردريك دوّم قوانينى وضع كرد كه به موجب آن هر كس، به جُرم بدعت از جانب كليسا محكوم شود، بايد به حكومت تحويل گردد تا در آتش بسوزد و اموال او ضبط گردد و وارثين آن شخص از حق ارث محروم گردند و فرزندان او نيز حقّ تصدّى مشاغل پر درآمد را نداشته باشند! همچنين در سال ١٠٢٢ «رُبل» سلطان فرانسه ١٣ تن از مخالفان كليسا را در آتش سوزاند. همچنين، در سال ١٠٥١ هانرى سوّم امپراتور آلمان، در هر يك از بخش‌هاى اروپا افراد بسيارى را در نقطه‌اى به نام «گوسلاو» به دار آويخت و يا در سال ١١٨٣ فيليپ كُنت فلاندر با دستيارى اسقف كُجا، جمع كثيرى از اشراف، روحانيون، شُوالى‌ها، روستاييان و حتّى دختران و زنان را زنده زنده در آتش انداخت و آنان را سوزاند. به هر حال، نوشته‌هاى تاريخ بيانگر اين حقيقت تلخ است كه كليسا با حمايت حكومت، از سال ١٤٨٠ تا ١٨٠٨ تعداد چهل هزار و هفتصد و دوازده نفر را به جُرم مخالفت با كليسا