أمّا على المستوى الإداري والتنظيمي ففي عام ٢٠٠١ م وتزامناً مع وضع الخطة الشاملة لمكتب الإعلام الإسلامي وتدوين برنامج مسؤولياته ، قامت معاونية البحوث بإعادة النظر في إصلاح هيكليتها وبنيتها بالإضافة إلى أهدافها وسياساتها ، وانتهى بها المطاف إلى تنظيم وتدوين برنامج مستقبلي واستراتيجية عامة جديدة تمّ بموجبها إضافة الى وضع الأهداف والبرامج الخاصة بالمعاهد والاقسام التابعة لها دمج جميع المراكز البحثية التابعة للمكتب تحت مركز أكاديمي عام .

وبعد سنوات من المتابعة والجهود الحثيثة تمّت في النهاية المصادقة من قبل الهيئة الاستشارية العليا للتوسعة على ضمّ أربعة معاهد ضمن مؤسسة واحدة باسم « المركز الاكاديمي للعلوم والثقافة الإسلامية » وبترخيص من وزارة العلوم والبحوث والتكنولوجيا . وهناك مساعٍ اُخرى أيضاً لأخذ ترخيص لمعهدين آخرين في مجال العلوم والمعارف القرآنية والعلوم الاجتماعية والاقتصادية .

كما تسعى الأكاديمية إلى تحويل « مؤسسة انتظار النور الثقافية » إلى معهد ، بالإضافة إلى سعيها في تأسيس معهد « الأخلاق والدراسات النفسية » ، الذي يعمل في الوقت الحاضر قسم واحد منه فقط .

وهكذا فقد تبلورت تدريجاً تلك الجهود العلمية التحقيقة القيمة التي بذلها المكتب طيلة العقدين الأخيرين عبر كيان مؤسسي علمي وتحقيقي موحّد وشامل ، والذي تمثّل بأكبر مركز أكاديمي للبحوث الاسلامية في البلاد خدمة للاهداف المقدسة للحوزة الدينية والنظام الاسلامي .

مهمّة المركز :

انبثق المركز الاكاديمي للعلوم والثقافة الإسلامية من الاهتمام بتعميق وتطوير العلوم والمعارف الإسلامية ، واستعراض العقائد والرؤى والقيم الإسلامية