تصنيف كردند و نسخه آنها در حال حيات مقدس بنجف رسيد، نيز مقدس، بعضى از اوراق شرح ارشاد را كه در همان ايّام تلمّذ ايشان مشغول تأليفش بوده گاهى بنظر ايشان رسانده و خواستار اصلاح عبارات غيرفصيحه آن ميشد. ان فى ذالك لعبرة لاولى العلم المعلمين منهم و المتعلمين- آه آه. از آن‌رو كه صاحب معالم در حين وفات والد معظّم خود شهيد ثانى صغير و در سن طفوليّت بوده اينك درس او را نديده و بلاواسطه از خود وى روايت نميكند بلكه بواسطه شيخ حسين پدر شيخ بهائى و ديگر اكابر و تلامذه شهيد از او روايت مينمايد.

تأليفات صاحب معالم در نهايت اتقان و متانت و حسن سليقه ميباشند:

١- الاثنى عشرية فى الطهارة و الصلوة كه يك نسخه از آن در كتابخانه مدرسه فاضليه مشهد مقدس موجود و شيخ بهائى بهمين كتاب شرحى نوشته است ٢- الاجازات ٣- التحرير الطاوسى در رجال كه براى تنقيح و تهذيب و ترتيب كتاب حل الاشكال ابن طاوس سيد احمد تأليف و با ترتيب كامل مرتب و مهذبش نموده و بهمين اسم تحرير طاوسى موسومش داشته است ٤- ترتيب مشيخة من لا يحضره الفقيه ٥ تا ١٠- حاشيه استبصار و تهذيب شيخ طوسى و روضة البهيه والد ماجد خود و مختلف علامه و معالم العلماى ابن شهراشوب و من لا يحضر صدوق ١١- شرح الفيه شهيد ١٢- مشكوة القول السديد فى تحقيق معنى الاجتهاد و التقليد ١٣- معالم الدين و ملاذ المجتهدين در فقه و فقط بعضى از فصول باب طهارت با يك مقدمه اصوليّه تأليف ولى اجل حتمى با كمال آن امان نداد. همين مقدمه اصوليّه ميباشد كه بين العلما بمعالم معروف و از زمان مؤلف تا عصر حاضر ما از كتب تدريس و تدرّس و مرجع استفاده عموم است و بارها در ايران چاپ شده و بجهت كثرت اشتهارش، مؤلف نيز بجهت انتساب آن به صاحب معالم شهرت يافته و همان مقدار قليل از فقهش نيز در اواخر در تبريز چاپ و به فقه معالم معروف است ١٤- مناسك الحج ١٥- منتقى الجمان فى الاحاديث الصحاح و الحسان و گويند كه تمامى احاديث مرويه در آن كتاب را اعراب گذاشته و فرمودى كه موافق احتياط همين است كه كلينى از حضرت صادق ع روايت كرده است: اعربوا احاديثنا فانا قوم فصحاء و لكن للحديث احتمال آخر. يك نسخه خطّى از يك قسمت كتاب منتقى كه از اوّل كتاب تا آخر حجّ است بشماره ٢٦٦٣ در كتابخانه مدرسه سپهسالار جديد تهران موجود است بارى صاحب معالم ديوان شعر بزرگى هم دارد و از اشعار طريفه او است:

عجبت لميت العلم يترك ضايعا		و يجهل مابين البرية قدره‌