من المراحل المهمّة التي يمرّ بها العمل في تدوين الموسوعة هو تخريج مصادر نصوصها ؛ وذلك بالسعي وبذل الجهد في أن تُعزى الأحاديث إلى مصادرها الأصلية ، و دعمها بمصادر معتبرة اُخرى ؛ وثمرة ذلك تعزيز النصوص متناً وسندا ، وبالتالي إمكان الاعتماد عليها في الاستدلال . يتحمّل مسؤوليّة هذه المرحلة باحث آخر ، مستعينا ببرامج الحاسوب الآلي والمعاجم اللفظية ، فتتكوّن له حصيلة تضمّ مصادر الحديث الأصلية ، بالإضافة إلى مصادر اُخرى متعدّدة من كتب الفريقين ، فينتقي حينئذٍ أجودها متناً ؛ وذلك بملاحظة القِدم التأريخي وشمولية المضمون ، وتتمّ الإشارة إلى المصادر الاُخرى في الهامش مرتّبة حسب اعتبارها وقوّتها . كما يتمّ في هذه المرحلة حذف الروايات المكرّرة ، ولكن تُستثنى بعض الحالات وهي : أ ـ وجود نكتة مهمّة في نصّ الحديث . ب ـ إذا كان هناك اختلاف في الألفاظ بين النصوص الحديثية الشيعية والسنيّة . ج ـ إذا كان النصّ متعلّقاً ببابين أو أكثر ، بشرط ألاّ يزيد على سطر واحد . فيما خلا هذه الحالات تُحذف الأحاديث المكرّرة ، ويشار إلى مصادرها في الهامش طبقاً للقواعد المقرّرة والضوابط التي تنظّم العمل .

٦ . مداخل وتحليلات بحسب الحاجة