يقوم قسم التحقيق بالتعاون والتنسيق مع ما يقرب من ١٠٠ محقق وعضو من أعضاء الهيئة العلمية بتشكيل فروع تحقيقية في مجال الأديان ، الاقتصاد ، التاريخ ، التفسير ، علوم القرآن ، علم الاجتماع ، القانون ، علم الأديان ، التربية ، الإدارة ، والعلوم السياسية ، وتقوم هذه المجموعات بإعداد بحوث مهمة في الاختصاصات المذكورة .

ومن مهام هذا القسم تدوين دروس للدورات الحضورية وغير الحضورية ودروس للمشاريع التعليمية الاُخرى آنفة الذكر .

ويعقد قسم التحقيق مؤتمرات وندوات علمية يحضرها مفكرون من الجامعات والحوزات العلمية من أصحاب الرأي في مجالات العلوم الإنسانية والإسلامية من أجل تبادل وجهات النظر بين الأساتذة والمحققين في المؤسسة والاستفادة من الأفكار والنظريات الحديثة .

شعبة تدوين الكتب :

يقوم قسم تدوين الكتب بتنظيم وتدوين مؤلفات أساتذة المؤسسة ، ومن ضمنها مؤلفات سماحة الاُستاذ آية اللّه‌ الشيخ مصباح اليزدي ( دام عزه ) . وقد تمّ لحدّ الآن تدوين ما يزيد على ٦٠مجلدا من مؤلفاته ومؤلفات أساتذة آخرين في مجالات مختلفة ، كما يوجد عدد لا بأس به من الكتب قيد الإعداد .

٣ ـ القسم الثقافي :

من أجل تطوير المستوى الثقافي والتربوي لطلاّب المؤسسة وموظفيها والعاملين فيها واُسرهم ، قام القسم الثقافي بتأسيس شعب متعددة : للتربية والتقييم ، وللاستشارة ، وللتربية البدنية ، وللمناسبات والبرامج الترفيهية والتي تعني باقامة المخيمات والسفرات ، وشعبة إعداد المعلمين .

شعبة الاستشارات :

تقوم شعبة الاستشارات بتقديم خدمات وارشادات في مجال الشؤون