کتب زیر از تألیفات ایشان است: ١. اجازه به ملاّحسنعلی تستری، مطبوع ضمن اجازات بحارالانوار ٢. برهان الابصار ٣. تاریخ الصّفویه ٤. تحقیق المزلّه ٥. تخمیریّه ٦. ترجمه شذور الذّهب ٧. تفسیر قرآن ٨. جواب سؤالات ملاّمظفّر حسین کاشانی، مطبوع در کتاب منتخباتی از آثار حکمای الهی ایران ٩. حاشیه جوک باشست ١٠. رساله حرکت، مطبوع در کتاب منتخباتی از آثار حکمای الهی ایران ١٣. رساله صناعیّه، مطبوع ١٤. رسالهٌ فی ارتباط الحادث بالقدیم ١٥. رسالهٌ فی حقیقه الوجود ١٦. رسالهٌ فی معقولات العشر ١٧. زیبق، مطبوع در کتاب مجموعه رسائل خطّی فارسی ١٨. قصیده یائیّه، مطبوع ١٩. کشف اللّغات «جوک باشست» ٢٠. منتخب «جوک باشست» ٢١. منظومه فی الکیمیا. میرفندرسکی کتابخانه ای ارزشمند با کتاب های نفیس داشته که پس از وفات، کتاب های آن را به کتابخانه شاه صفی انتقال داده اند. این شعر از او است:

شرب مدام شد چو میسّر مدام به چون می حرام گشت، به ماه حرام به

یک بوسه از رُخت ده و یک بوسه از لبت تا هر دو را چشیده بگویم کدام به[١]

[١] تذکره نصرآبادی، ج١، صص٢٢١ ٢٢٣؛ وقایع السّنین و الاعوام، صص٥١٤ ٥١٥؛ طرائق الحقایق، ج٣، صص١٥٨ ١٥٩؛ ریاض العلماء، ج٥، صص٤٩٩ ٥٠٢؛ ریحانه الادب، ج٣، ص٤١٨ و ج٤، صص٣٥٧ ٣٦٠، شرح حال میرداماد و میرفندرسکی، دائره المعارف بزرگ اسلامی، ج٦، صص١٦٩ ١٧٣؛ الرّوضه النّضره، صص٤٥٠ ٤٥١؛ منتخباتی از آثار حکمای الهی ایران، ج١، صص٨٥ ٨٨؛ رجال اصفهان، دکتر کتابی، ج١، صص٢٨٩ ٢٩٢؛ تاریخ فلسفه در اسلام، صص٤٤٧ ٤٦٠؛ روضات الجنّات، ج١، صص٢٤٢ ٢٤٦ و ج٥، ص٣٨٠؛ الکنی و الالقاب، ج٣، ص٣٥؛ الذّریعه، ج٣، ص٤٨٥ و ج٦، ص٣٩٥ و ج١٨، صص٥٧ و ٤٨٩؛ قصص العلماء، صص٢٣٦ ٢٣٧؛ تذکره روز روشن، صص٢٥ ٢٦؛ مجمع الفصحاء، ج٤، صص٩ ١٠؛ فرهنگ معین، ج٦، صص١٣٧٩ ١٣٨٠؛ از آستارا تا استرآباد، ج٥، صص٣٣٨ ٣٤٠؛ گنجینه آثار تاریخی اصفهان، صص٥٤٣ ٥٤٦؛ رجال اصفهان یا تذکره القبور، ص١١٢ و ١٠٨؛ زندگی نامه علاّمه مجلسی، ج٢، صص٣٧٨ ٣٧٩؛ دانشمندان و بزرگان اصفهان، ج١، ص١٩٧ ٢٠٠؛ اعیان الشّیعه، ج٧، ص٦٨؛ راهنمای پژوهش درباره میرفندرسکی؛ خاندان شیخ الاسلام اصفهان، صص٦٤ ٦٥؛ سیری در تاریخ تخت فولاد، صص٢٠٨ ٢١٠؛ اصفهان (کتاب جوانان)، صص٢١٧ ٢١٨.