علیّ بن مأمون خوارزمشاه درآمد، و مورد احترام فراوان شاه و وزیر او قرار گرفت. پس از آن در سال ٤٠٣ق به جرجان (گرگان) رفت تا به حضور شمس المعالی قابوس وشمگیر، از امیران زیاری برسد؛ امّا او کشته شده بود. در جرجان، ابوعبید جوزجانی به او پیوست، و پس از آن، همواره در کنار استاد بود. در حدود ٤٠٦ق از جرجان به ری رفت، و به خدمت سیّده همسره فخرالدّوله دیلمی و پسرش مجدالدّوله حاضر شد. چندی بعد به همدان رفت، و شمس الدّوله دیلمی را که بیمار بود، درمان کرد، و به وزارت دست یافت؛ امّا مخالفان شمس الدّوله و شیخ الرّییس، همواره آنان را تهدید می کردند، و شیخ در بیم و ترس به سر می برد.

پس از مرگ شمس الدّوله، پسرش سماءالدّوله به جای او نشست، در این هنگام، بوعلی با علاءالدّوله کاکویه حکمران اصفهان و رقیب سماءالدّوله مکاتبه می کرد؛ لذا او را گرفته، و در قلعه فرجان دربند کردند. پس از چهار سال، علاءالدّوله به همدان تاخت، و شیخ از حبس آزاد شد. عاقبت او در لباس درویشان از همدان گریخت، و به اصفهان آمد، و حدود پانزده سال در این شهر به تحقیق، تألیف و تدریس پرداخت. شاگردان زبده ای چون ابوعبداللّه معصومی و ابن زیله نزد او تربیت شدند.

ابن سینا از طرف علاءالدّوله مأمور شد که رصد و تهیّه تقویم را به عهده بگیرد. او این کار را به شاگردش ابوعبید سپرد، امّا سرانجامی نیافت. او تعدادی از آثارش را همچون تعلیقات، رساله آلات رصدی شفا (قسمت مجسطی، هندسه، هیأت، ارثماطیقی، موسیقی و سایر فنون، ریاضی) مبدأ و معاد و غیره را در اصفهان تألیف نمود.

در سال ٤٢١ق سلطان مسعود غزنوی به دستور پدرش سلطان محمود به اصفهان تاخت، و علاءالدّوله را از اصفهان راند، و آن جا را غارت نمود، و مردم آن را قتل عام کرد. در این فتنه شوم، منزل و کتابخانه شیخ غارت شد، و بار دیگر به دستور سلطان مسعود که پس از مرگ پدر به جای او نشسته بود، بوسهل حمدی و تاش فراش در سال ٤٢٥ق به اصفهان تاخت، و قتل و غارت در این شهر را تجدید کرد، و کتاب های کتابخانه علاءالدّوله که مصنّفات شیخ الرّییس در آن موجود بود، به یغما برد، و به غزنه فرستاد که متأسّفانه چند سال بعد طعمه کینه توزی علاءالدّین غوری گردید، و به آتش کشیده شد.