در عصر غيبت باتوجه به موقعيت فرهنگى آن دوران دو مكتب علمى عمده در مراكز علمى شيعه رواج داشت: مكتب كلامى و مكتب حديث، كه هريك تحت تأثير عوامل و عناصر تأثيرگذار زمانى و مكانى قرار داشتند. افزون بر اين دو، مى‌توان وجود نوعى مكتب فقهى را در اين عصر در نظر گرفت كه با مكتب فقهى پيشين، يعنى مكتب فقهى زمان حضور ائمه عليهم السّلام و مكتب فقهى پس از غيبت صغرى، يعنى عصر شيخ مفيد و شيخ طوسى متفاوت بود و در واقع مى‌توان آن را حالت گذار و انتقال از يك دوره به دوره ديگر دانست.

الف) مكتب كلامى‌

گرچه طرح مباحث كلامى، به‌معناى اصطلاحى آن، كه از قرن دوم هجرى رواج يافت، در گفتار امامان عليهم السّلام، به‌ويژه در كلام امير المومنين عليه السّلام سابقه ديرينه‌اى داشت، ليكن شكل‌گيرى كلام شيعى را مى‌توان در دوران امام صادق عليه السّلام و شاگردان آن حضرت دانست. در حقيقت علم كلام از اوايل قرن دوم هجرى در ميان مسلمانان پديد آمد. اين امر بيشتر تحت‌تأثير گسترش جغرافيايى جهان اسلام و برخورد انديشه‌هاى مختلف دينى مسلمانان با نحله‌ها و اديان ديگر بود و طبيعى است كه در بحث با پيروان ساير اديان، ادله نقلى اسلامى كارآيى نداشت و دانشمندان مسلمان ناگزير مى‌بايست ادله عقلى را كه مورد پذيرش طرفين بود، ارائه مى‌كردند، بدين ترتيب انديشه‌هاى كلامى در علوم اسلامى شكل گرفت.

كلام و بحث‌هاى كلامى با پيدايش معتزليان، كه تمايلات عقل‌گرايى در آن‌ها بارز و آشكار بود به زودى گسترش و شيوع يافت. تقريبا از همين زمان بود كه برخى از شيعيان به كلام روى آوردند و اين علم جاى خود را در مكتب تشيع باز كرد. اولين متكلمان شيعه از اصحاب امام صادق و امام كاظم عليهما السّلام بودند. اينان كه طبقه اول‌