بدأت الجامعة نشاطها التعليمي منذ العام الدراسي ( ١٤٢١ ـ ١٤٢٢هـ) ، وبعد خوض دورة تعليمية قوامها أربع سنوات والاستفادة من تجارب المركز العالمي للدراسات الإسلامية وسائر المؤسسات التعليمية ، تمت المصادقة على برنامج « الخطة الخمسية التعليمية والثقافية لجامعة آل البيت (عليهم ‌السلام) العالمية » في اجتماعات الهيئة العلمية ،وبعد اجتياز المراحل القانونية والمصادقة في مجلس الإدارة ، وبإشراف الجامعة ، تم العمل بها من العام الدراسي ( ١٤٢٥ ١٤٢٦هـ) . وقد اُدرج في منهجها التعليمي تخصص الفقه والمعارف الإسلامية لنيل درجة البكالوريوس إلى الدكتوراه ، وقسم الاختصاص في الفقه والاُصول ( في الماجستير والدكتوراه ) .

وكذلك اُدرجت في الماجستير تحت تخصص الفقه والمعارف الإسلامية سبعة أقسام ، هي : علوم القرآن ، وعلوم الحديث ، والكلام ، والفلسفة الإسلامية ، وتاريخ الإسلام ، والفقه والاُصول ، والأخلاق الإسلامية .

وتماشياً مع لغة العصر الإلكترونية تنوي تأسيس « جامعة افتراضية تعنى بالعلوم الإسلامية » ، وفي هذا الصدد بدأت الجامعة بدراسة المشروع منذ العام المنصرم مع مجموعة من المختصّين وتحت إشراف الجامعة ، وقد كانت لها في هذا المجال محاورات قيّمة مع المؤسسات العلمية المرموقة في الداخل والخارج .

وقد اقترحت إدارة الجامعة أيضاً على المركز العالمي مشروع تأسيس « كلية الدراسات المقارنة » في التخصصات التالية : الفقه والكلام والتفسير حتّى درجة الدكتوراه ، وكذلك « كلية الطب الإسلامي » حتى درجة البكالوريوس ، وهما قيد الدراسة ، وسيكونان قيد التنفيذ فيما لو تمّت المصادقة عليهما .