گوناگونى كه بر عهده دارند، از يكديگر جدا ساخته است. بنابراين درك نائينى از تفكيك قوا چيزى جز تقسيم وظايف ميان كارگزاران و شرح دقيق آن وظايف نبوده است ؛ مفهومى كه به حقوق ادارى مربوط مى‌شود و در زمره مفاهيم حقوق اساسى نيست ؛ در حالى كه تفكيك قوا(separation of powers) در حكومت مشروطه، اصلى بنيادين از حقوق اساسى است كه بر پايه آن قدرت سياسى براى پاسدارى از آزادى‌هاى مردم و پرهيز از استبداد حاكمان ميان چندين نهاد حكومت(مقنّنه، مجريه، قضاييه) تقسيم مى‌شود. (٦٤)

(٦٤) ليپست، سيمور مارتين، دايرة المعارف دموكراسى، ج ١، ص ٤٩٠ ؛ مك لين، ايان، فرهنگ علوم سياسى آكسفورد ، ص ٧٣٥. برخى از محققّان مانند فريدون آدميت و عبدالهادى حائرى بر فهم نادرست نائينى از تفكيك قوا تصريح كرده‌اند. حائرى ادعا مى‌كند كه منشأ اين درك غلط، كتاب طبايع الاستبداد تأليف عبدالرحمن كواكبى است ؛ زيرا نائينى در رساله خود به شدّت تحت تأثير كتاب كواكبى بوده و او نيز همچون نائينى در موضوع تفكيك قوا دچار چنين اشتباهى شده است.(ر.ك: آدميت، فريدون، ايدئولوژى نهضت مشروطيت ، ص ٢٤٣ ؛ حائرى، عبدالهادى، تشيّع و مشروطيت در ايران ، ص ٢٦٨). مناسب است به نمونه‌اى از تلاش غيرمنطقى روشنفكران عصر قاجار در جهت ارائه چهره‌اى تصنعى از هماهنگى اسلام و غرب اشاره شود. رساله يك كلمه و يك نامه اثر يوسف خان مستشار الدوله، يكى از مشهورترين آثار آن دوره در اين زمينه است. او در اين رساله بعد از آنكه به درستى، نظريه «تفكيك قوا» را به تقسيم قدرت حاكم ميان نهادهاى مختلف حكومت در جهت پرهيز از استبداد و براى حفظ آزادى و استقلال مردم تعريف مى‌كند كه اين نشان دهنده درك درست او از تفكيك قواست، در نهايت براى تأييد آن از سوى اسلام مدعى مى‌شود كه اين مفهوم، معادل و هم‌معناى ديدگاه محقق كركى در تفاوت ميان «حكم» و «فتوا»ست! (ر.ك: مستشار الدوله، يوسف خان، يك كلمه ، ص ٤٨). روشن است كه تفاوت «حكم» و «فتوا» كه دو كاركرد متفاوت از يك نهاد قدرت يعنى مرجعيت دينى است، هيچ ارتباطى به جداسازى نهادهاى قدرت در حكومت ندارد ؛ هرچند از اين جهت كه «فتوا» بيان احكام كلى است و «حكم» تطبيق آن احكام كلى بر موارد جزئى است، مى‌توان مانند ملا عبدالرسول كاشانى مدعى شد كه «فرق ميان» قوه «مقننه و قضاييه» همانند «فرق ميان فتوا و حكم است»(ر.ك: زرگرى‌نژاد، رسائل مشروطيت ، رساله انصافيه، تأليف ملا عبدالرسول كاشانى، ص ٥٦٥.)