سوى اين نهضت زيان‌بار بود. از سويى، حضور روشنفكران غرب‌گرا سبب وارد شدن آسيب جدى به باورها و فرهنگ دينى در حوزه‌هاى گوناگون و انحراف نهضت از اهداف اسلامى آن گرديد و از سوى ديگر، حضور علما در انقلاب مشروطه به روشنفكران اجازه نداد تا تأثيرات انديشه مشروطيت از اصلاح نظام حقوقى و تدوين قوانينى بر مبناى شريعت پا را فراتر نهد و به بسط انديشه سياسى مشروطيت غربى در ميان نخبگان و توده‌هاى مردم منجر شود.

در همان دوران، احتشام السلطنه روشنفكر مذهبى و رئيس اولين دوره مجلس، هوشمندانه خطاب به آخوند خراسانى نوشت كه چون «اصول مشروطيت بر حضرت‌عالى معلوم نيست، حكم بر مخالفت يا موافقت آن با شرع انور» نفرماييد. فقط به عنوان مرجع مورد اعتماد ملت، «نظر شخصى و اجتماعى» خودتان را تبليغ فرماييد و توجه داشته باشيد كه ارشاد و راهنمايى در اين قبيل موارد «برخلاف فتاوا و احكام شرعى... براى مردم و ملت شيعه لازم الاجراء و مفترض الطاعه نيست و اشخاص در قبول يا رد آن مختار هستند». (٢٤)

شبيه اين گفتار از شيخ فضل‌اللّه‌ نورى نيز در دست است:

اى عزيز، آيا به قرآن قسم خوردى كه همراهى با اين مفاسد (٢٥) نكنى؟

(٢٤) آجودانى، مشروطه ايرانى ، ص ١٦٣.
(٢٥) مقصود مفاسد مشروطيت است.