يكى ديگر از شواهد رويكرد عقل‌گرايى نزد نائينى، ديدگاه او در زمينه قلمرو دين و شريعت است. او به ضرورت رعايت اصل تساوى در اجراى همه قوانين از جمله قوانينى كه «براى ضبط رفتار متصدّيان و تحديد استيلا و تعيين وظايف آنان» وضع شده و يا سياساتِ «عرفيه محضه كه حفظاً للنظام مقرّر شده» تأكيد مى‌كند. آن‌گاه در پاسخ به اين شبهه كه «اگر قوانين مذكوره مطابق اسلام است با اختلافات مشهوده در ابواب مذكوره، چگونه تساوى ممكن و اگر مخالف با اسلام است، چگونه ممكن است قانونيّت به هم رساند؟!» مى‌گويد:

بنا بود قوانين و دستورات موضوعه براى تحديد استيلا و ضبط اعمال متصديان، مخالف اسلام نباشد، نه آنچه احكام اسلام است از ابتداى كتاب طهارت تا آخر ديات در طى سياسات نوعيه، جزء دستورالعمل متصديان و مسئول عنه آنان شود. گويا مثالِ معروفِ «هر گردكانى گرد است»، نه هر گردى گردكان» كه در طفوليت براى تمرين كودكان تعليمشان مى‌كنند، به واسطه شدّت غرضانيّت و غلبه هوا و طبع بر قلوب فراموش شد. (٦٥)

نائينى همچنين در مقام دفاع از وضع قانون، به طرح شبهه ديگرى از مخالفان مى‌پردازد كه تدوين قانون ديگرى غير از قوانين اسلام را بدعت دانسته‌اند. او در مقام پاسخ، به تبيين مفهوم بدعت پرداخته، مى‌گويد:

(بدعت) در صورتى متحقّق و صورت‌پذير گردد كه غير مجعول شرعى، خواه حكم جزئى شخصى باشد و يا عنوان عام و يا كتابچه دستور كلىّ، هرچه باشد، به عنوان آنكه مجعول شرعى و حكم الهى عزّ اسمه است،

(٦٥) نائينى، تنبيه الامّة ، ص ١٠٤ ـ ١٠٦.