نراه من ناحية أخري لايغادر فكره الأحداث المسيطرة علي أجواء الوطن، وما تعكسه علي الحوزة العلمية، وصراعها في إثبات الوجود، ومقاومة الإعصار الصدامي الذي يحاول اجتثاث الجامعة العلميه النجفية، وخنق صوت مرجعيتها، ولعل ماذكره السيد الشهيد في مجريات الأحداث التي أشرنا إلي بعضها من إحراج المرجعية المتمثلة حينذاك بالإمام السيد الخوئي، مثل دعوته لحضور اجتماع يصب في تدعيم الحكومة الفاشية، أو مطالبته بفتوي تستنكر موقف الطرف الآخر.
في هذا الجو المشحون بالمصائب والاضطراب يقدم السيد علاءالدين بحرالعلوم دورة أصولية وفقهية كاملة تقريراً لأستاذيه آية الله العظمى السيد الخوئي، وآية الله العظمي الشيخ الحلي (عطر الله مرقدهما) وعكف ولدنا السيد محمد علي (وفقه الله) علي تحقيق مسودات الأجزاء الأربعة في الأصول، وقدمها للطبع.
وكذلك نرجو أن يتهيأ الظروف المناسبة لطبع الدورة الكاملة الفقهية أيضاً.
وبقي شهيدنا السيد علاءالدين على هذا الحال منعدم الإستقرار يعيش في داخله بين حرص العالم الديني الذي يحرص كل الحرص على الجامعة العلمية في النجف، أقدم حوزة عراقية في عهد الإسلام، وبين «سلطة غاشمة» تهدف إلي اجتثاث هذه الحوزة ما لم تخضع للسلطه، وتقبل بتوجيهاتها المخالفة للخط الديني الذي يريده حزب البعث العراقي.
وحين تفجرت المعارضة العراقية علي السلطة في آذار ١٩٩٠ في ثورة شعبية عارمة، أطلق عليها «الانتقاضة الشعبانية» وتكاد تطيح بسلطة الحاكم الغاشم، وتتخلص من حكم لاينسجم والواقع المعاش: الديني والوطني، أعطت «الولايات المتحدة» الضوء الأخضر للنظام المترنح تحت ضربات الجماهير الشعبية بأن ينقض على المنتفضين الأحرار في المناطق الثائرة من العراق بسحقها بعد أن لمست أن التوجه العراقي سوف لايحقق الهدف الأمريكي في مصالحها في العراق، ودول جوارها، وفعلاً تنمّر نظام صدام - بقوة الدول المشجعة له عربية وغير عربية - علي الجماهير المنتفضة الرافضة لنظام ديكتاتوري فاشي، وكان الخراب، والقتل، والدمار، والإعتقالات العشوائية، وكان نصيب الحوزة العلمية في النجف الأكثر ضرراً بحيث شمل من المرجعية الدينية إلي طلاب العلوم الدينية العرب منهم وغير العرب.