همچنين، از ره آورد افادات وحيد بهبهانى، نياز به علم اصول فقه آشكار گشت و ثابت شد كه بدون علم اصول، استنباط حكم شرعى ممكن نخواهد بود. با دور شدن از زمان صدور نص و قطعى نبودن سند بيشتر رواياتى كه به ما رسيده است به جهت پوشيده ماندن قرائن و اماراتى كه مى‌شد براساس آنها قطع به صدور پيدا كرد، نا چار بايد براى فراغت ذمه از احكام شرعى كه اجمالاً معلوم هستند به حجت هايى از قبيل امارات شرعى(ادله اجتهادى) يا اصول عمليه(ادله فقاهتى) استناد جست. حجيت ادله‌اى مانند امارات و اصول عمليه نيز خود بايد با دليل شرعى قطعى يا دليل عقلى قطعى اثبات شده باشد، و علم اصول فقه متكفل اين گونه مسايل است.

از ديگر دست آوردهاى علمى اين عالم نامدار، آشكار نمودن تفاوتهاى اصول فقه شيعه با اصول فقه عامه است. قواعدى كه در اصول فقه شيعه مورد بحث قرار مى‌گيرد، يا به قواعد لفظى باز مى‌گردد كه دلالت هاى دليل لفظى را تنقيح مى‌كند، يا به قواعد شرعى برگرفته از روايات باز مى‌گردد مانند استصحاب و برائت و حجيت اخبار ثقه و احكام تعارض ميان روايات و علاج آن، يا به اداراكات قطعى عقل نظرى يا عقل عملى باز مى‌گردد كه پيش از اين نقش آنها را در عرصه استنباط بيان كرديم.

بنابر اين، بحث اصولى در فقه اماميه، بحث از قياس ها و استحسان ها و ظنون نيست، بلكه بر عكس اگر هم اين مسايل در اصول ما مطرح شده باشند ـ و لو به صورت عَرَضى ـ براى اثبات عدم حجيت آنها بوده است، حتى نزد كسانى از علماى اصول كه قايل به حجيت مطلق ظن و دليل انسداد هستند.

همچنين دراين دوره فقهى، مبانى حجيت اجماع نزد شيعه به صورت روشن‌تر و با تأكيد بيشتر توضيح داده شد. اجماع نزد شيعه بر خلاف عامه كه آن را دليل مستقلى بر حكم شرعى مى‌دانند، دليل مستقلى نيست؛ بلكه اگر شروط آن تمام بوده و تحصيل آن از آراء قدما ممكن باشد، كاشف از سنت و دريافت حكم شرعى از معصوم(ع) خواهد بود.