به دنبال اين حادثه دهشتناك كه طى آن، اماميه ميراث علمى گرانبهايى را از دست داد، شيخ طوسى ناچار شد در سال ٤٤٩ هـ به نجف اشرف مهاجرت كند و دانش و انديشه خود را به اين شهر انتقال دهد. وى در اين شهر، حوزه علمى جديدى تأسيس كرد و جايگاهى را كه در بغداد به دست سلجوقيان از ميان رفت، به اين حوزه باز گرداند. فقه اماميه با روشمندى درست به دست شيخ طوسى ظهور كرد و تبلور يافت. او عمليات استنباط را در چارچوب ادله شرعى، قانونمند ساخت و روش هاى آن را در كتاب اصولى خود، عدة‌الاصول، تبيين كرد. اين كتاب، بر كتاب هاى اصولى پيش از آن برترى يافت و راه خود را به حوزه‌هاى علميه گشود و تا چند قرن محور تدريس در حوزه‌ها گرديد. سيد مهدى بحرالعلوم در باره آن مى‌گويد: «بهترين كتابى است كه در علم اصول تأليف شده». (٦١)

فقيهان قبل از شيخ طوسى، بر متن روايات صادره از معصومين(ع) تكيه داشته و براساس آنها بدون بحث از سندشان، فتوا مى‌دادند؛ بلكه برخى از فقها معتقد به قطعى بودن صدور بيشتر اين روايات از معصوم بودند و حتى فقيهى مثل سيد مرتضى كه استاد و معاصر شيخ طوسى بود، مدعى بود كه اجماع شيعه بر اين است كه فقط به خبر يقينى عمل كنند. اما شيخ طوسى نخستين فقيهى بود كه عرصه بحث در باره اسانيد روايات را گشود و قاعده حجيت اخبار آحاد موثق را تأسيس كرد و مدعى بود كه عمل اصحاب و فقهاى شيعه به روايات، بر اين اساس است. همچنين او راه هاى توثيق اسانيد و طبقات رجال را مورد بحث قرار داد. او بود كه باب بحث علم درايه و حديث را گشود و دراين باره، كتاب هاى «الرجال فى من روى عن رسول اللّه‌(ص) و عن الائمة(ع)، الفهرست فى شرح المصنفين من رجال الشيعه، و اختيار معرفة الرجال را ـ كه تهذيب كتاب رجال كشى است ـ تأليف كرد.

اين سه كتاب به علاوه رجال نجاشى ـ كه معاصر شيخ طوسى و شاگرد سيد مرتضى

(٦١) الفوائد الرجاليه،ج٣،ص ٢٣١.