از يك سو با نيرومندى و متانت به دفاع از آراء مشهور فقهاى پيشين شيعه كه مورد نقد و مناقشه محقق اردبيلى قرار گرفته بود، پرداخت و بطلان پاره‌اى از نقدهاى وى و نادرستى آنها را از نظر علمى، آشكار ساخت. همچنين در تعليقه خود بر كتاب الرجال الكبير ـ منهج المقال استرآبادى ـ به حل مشكل توثيق راويان و اساتيد روايات پرداخت. تعليقه او بر اين كتاب، شرح لطيف و سودمندى است كه با فوايد پنجگانه رجالى آغاز مى‌شود و تا به امروز مورد مراجعه علما است. با اين اقدام وحيد بهبهانى، زياده روى صاحبان گرايش اوّل دفع شد.

از سويى ديگر، با تمام عزم و اصرار خود تصميم به مقابله با گرايش اخبارى و زدودن غبارى كه آنان دربر مقابل اصول فقه شيعه برانگيخته بودند، گرفت. اين فقيه نامدار، با توضيح معناى اجتهاد در فقه اماميه، روشن كرد كه اين اجتهاد با اجتهادى كه در فقه عامه به كار مى‌رود، متفاوت است و سزاوار نيست تشابه لفظى ميان اين دو معنا، منشأ اين توهّم شود كه آنچه در روايات ما در ردّ اهل رأى و اجتهاد عامه آمده است، اجتهاد فقهى مصطلح نزد شيعه را نيز در مى‌گيرد. اجتهاد نزد شيعه به معناى اجتهاد در فهم نصوص و روايات معصومين و تفريع فروع بر اصول و قواعدى كه آنان القا كرده‌اند و علاج تعارض و اختلاف ميان روايات است. اجتهاد بدين معنا نه تنها نهى نشده، بلكه برگرفته از روايات و احاديثى است كه خود ائمه(ع) در اين مقام بيان فرمودند كه «علينا إلقاء الأصول و عليكم تفريع الفروع» (٦٣) يا در بعضى روايات در مورد حكم كسى كه ناخن انگشتش قطع شده و مرهم بر آن گذاشته باشد، امام(ع) فرمود:

يعرف هذا و أشباهه مِن كتاب اللّه‌ عزّوجلّ { ماجَعَلَ عَلَيْكُمْ فِىِ الدِّينِ مِنْ حَرَجٍ } (٦٤) امسح عليه؛ (٦٥) حكم اين مسأله و امثال آن از آيه { ماجَعَلَ عَلَيْكُمْ فِىِ الدِّينِ مِنْ حَرَج } شناخته مى‌شود. روى مرهم دست بكش.

(٦٣) الفصول المهمة فى اصول الائمة ،ج١، ص٥٥٤، حديث ٨٢٤ و ٨٢٥.
(٦٤) حج: ٧٨.
(٦٥) كافى،ج٣،ص٣٣، حديث ٤.