١. از آن جايى كه مطالب جواهر، بسيار گسترده و از ژرفاى ويژه‌اى برخوردار است، تقسيم بندى دقيق كل جواهر در مجموعه‌هاى ياد شده بسيار مشكل است و نياز به دقتهاى فراوان و زحمتهاى زيادى دارد.

٢. عامل ديگر، چگونگى تدوين كتاب جواهر است. صاحب جواهر اظهار دارد: اين كتاب را براى آن تدوين كرده است كه در مسافرتهايى كه دارد، احتياج به كتابهاى زياد نداشته باشد. بنابراين، جواهر به گونه‌اى در حكم يادداشتهاى شخصى است. به همين جهت، پيچيدگى و بى نظمى و تاخير و تقديم در جواهر ديده مى‌شود.

مثلا بدون مقدمه وارد مطلب مى‌شود، با آوردن «بل» مطلب جديد و يا موضوع مفصلى را شروع مى‌كند. لذا اگر كسى در جواهر دقت نكند و زمينه لازم را نداشته باشد، ورود و خروج مباحث را نمى‌تواند تشخيص بدهد.

٣. از آن جائى كه مبناى برنامه بر آن است كه هيچ گونه حذف و يا تغيير و يا نقل معنائى در الفاظ كتاب شريف جواهر انجام نگيرد و در عين حال تسلسل لفظى آن نيز بهم نخورد، تنظيم جواهر در محورهاى ياد شده در ابتدا غير ممكن مى‌نمود كه با عنايات اهل بيت، عليهم السلام، و توفيقات الهى اين مشكل را نيز توانستيم حل كنيم و با كمك از فضلاى حوزه، بحمداللّه اين برنامه نيز در شرف كمال شدن است.

شيوه استفاده

اين پژوهش به دو شكل قابل عرضه است:

١. نرم افزار كامپيوتر:در شكل ارائه كامپيوترى آن، ميدانهاى وسيعى براى استفاده است. باكدها و مرتبطات مى‌توان براى هر مدخل مطالب مربوط به آن را به دست آورد.