اين مطالب در هم آميخته و نامنظم است و اين، كار ما را با دشواريهاى زيادى روبه رو كرد، چنانكه بدان اشاره خواهد شد. و اين برنامه آن وقت مشكل‌تر گرديد كه مبناى كار بر آن شد كه هيچ گونه حذف، حتى يك كلمه و يا تغيير و نقل به معنى در الفاظ جواهر كه مبتنى بر اجتهاد خارجى در فهم كلام صاحب جواهر خواهد بود، انجام نگيرد.

جهت رسيدن به اين نظم موضوعى و تفصيلى لازم بود ابتداء كل مطالب فقهى كه در جواهر گسترده آمده، بررسى شود و به ستونها يا بخشهاى عمده تقسيم بندى شود كه پس از بررسيها و آزمايشهاى گوناگونى بحمداللّه موفق شديم در يك تحليل كلى محتويات كتاب پر بركت جواهر را در سه محور اصلى دسته بندى كنيم:

١. ديدگاههاو فتاواى فقهى صاحب جواهر. اين بخش مسائل و مدعاهاى شخص ايشان است كه اگر همه را در كنار يكديگر گرد آوريم، به مجموعه ديدگاههاى فقهى ايشان دست‌خواهيم يافت.

٢. اقوال موافق و يا مخالف. (كه بخش ديگر از مباحث جواهر را تشكيل مى‌دهد)

٣. استدلالها و مناقشه‌ها. كه بر اثبات يك مدعاى فقهى و يا رد آن اقامه شده است.

اين مجموعه‌ها در اين برنامه از يكديگر جدا شده و در سه ستون قرار گرفته است. ستونهاى ديگرى هم در كنار اين سه ستون جهت علامت گذارى و كد سازى مى‌توان قرار داد. به عنوان مثال اگر مبحثى استطرادا در جايى مطرح شده است (مثلا بحث تزكيه در لباس مصلّى) مى‌توان آن را با كد استطرادى يودن مشخص كرد. همچنين اگر بحثى مشترك باشد، به عنوان نمونه: بلوغ در جاهاى فراوانى مثل كتاب صوم، حجر و... طرح شده است، مى‌توان علامت مشتركى براى آن قرار دهيم. همچنين اگر بحثى غير فقهى در جايى مطرح شده باشد، مثلا رجالى و يا اصولى و... مى‌توان آن را مشخص كرد.بدين گونه مى‌توانيم تمامى مطالب اصولى و يا رجالى صاحب جواهر را ثبت كنيم. همچنين مى‌توان با دادن كدهاى گوناگون ديگر زمينه استفاده‌هاى نرم افزارى ديگرى را جهت