فورد النجف سنة (١٢٥٩ ه‌. ق)، والتقى الشيخ مرتضى الأنصاري فعزم على الإقامة هناك للاغتراف من معين علومه، فاختص به، واعتنى الشيخ الأنصاري به عناية بالغة إلى أن توفي الشيخ سنة (١٢٨١ ه‌. ق)، فعزم تلامذته وفيهم الفطاحل أمثال: الميرزا محمد حسن الآشتياني والميرزا حبيب الله الرشتي ونحوهما على تقديم الشيرازي، فانتهت إليه المرجعية العامة، وانتقل من النجف إلى سامراء، وانتقل بعده تلامذته تبعا له [١].
وأفتى بتحريم التدخين بالتتن والتنباك إثر إعطاء الشاه ناصر الدين القاجاري امتياز حصرهما لشركة إنكليزية، فترك جميع أهل إيران التدخين وكسرت كل نارجيلة وكل آلة تستعمل للتدخين، حتى نارجيلات البلاط - كما قيل - ولما يعلم الشاه بذلك.
حضر درسه جم غفير من فطاحل العلماء بما فيهم الآخوند ملا محمد كاظم الخراساني صاحب كفاية الأصول، والسيد كاظم اليزدي صاحب العروة الوثقى في الفقه، والشيخ آقا رضا الهمداني صاحب مصباح الفقيه، والسيد إسماعيل الصدر، والمحدث الميرزا حسين النوري، والميرزا فضل الله النوري، والميرزا محمد تقي الشيرازي المعروف بالشيرازي الصغير، وغيرهم.
وكان من شيوخه أيضا الشيخ محمد حسن صاحب الجواهر.
لم يترك إلا قليلا من التأليفات لانشغاله بالتدريس والمرجعية العامة [١].
- صاحب الجواهر راجع: النجفي - صاحب الحاشية راجع: (٢: ٤٧١، رقم ٤٢) - صاحب الحدائق راجع: البحراني - صاحب الرياض راجع: الطباطبائي - صاحب العروة راجع: اليزدي

[١] وكان ممن انتقل معه والتزمه جداي الشيخ أسد الله،
والشيخ محمد علي ابنا الشيخ نظر علي الذي كان خليفة
الشيخ مرتضى الأنصاري (رحمة الله عليهم أجمعين) في
الصلاة وينوب عنه. انظر نقباء البشر ١: ١٤٢،
و ٤: ١٥٥١.
[١] انظر ترجمته في: أعيان الشيعة ٩: ٣٠٤، ونقباء البشر
١: ٤٣٦، وكتاب هدية الرازي إلى المجدد الشيرازي
الذي ألفه العلامة الطهراني في ترجمة الشيرازي.