٣. از آنجا كه شيخ در خلاف، مسائل مربوط به يك موضوع را گاه به صورت پراكنده و گاه تكرارى مطرح كرده و به نظر مؤلف، محل مناسب ذكر آن در جاى ديگر بوده است، مؤلف سعى‌خود را بر تنظيم منطقى مسائل مربوط به هر موضوع متمركز كرده است. از اين رو، در كتاب طهارت تمام مسائل مربوط به آب و مايعات را در آغاز كتاب مطرح كرده است؛ در حالى‌كه شيخ در لابه لاى اين مسائل، مسائل مربوط به پوست مردار و مانند آن را ذكر كرده است. بر اين اساس، مسئله شماره ٩ تا ١٦ كتاب طهارت خلاف به بعد از مسئله شماره ٤٤ يعنى بعد از مسائل مربوط به آب و مايعات منتقل شده و به جاى آن، مسائل شماره ١٢٦ تا ١٦٣ كه مربوط به مسائل آب و مايعات است جايگزين شده است.

٤. مؤلف، معتقد است شيخ در كتاب صلاة بر خلاف كتاب‌هاى ديگر، به روايات منقول از طرق خاصه استناد كرده است. مؤلف اين روايات را نيز به دليل اينكه در مواضع خود؛ يعنى كتب اخبار محفوظ است، حذف كرده (٦٠) است. البته، به نظر مى‌رسد بر خلاف گفته مؤلف، اين روش شيخ، اختصاص به كتاب صلاة نداشته باشد، بلكه وى در ساير ابواب فقهى نيز به روايات منقول از طرق خاصه استناد كرده است كه مؤلف گاهى آنها را حذف (٦١) كرده و گاهى باقى

(٥٩) الخلاف، ج١، ص٢٥٩ و المؤتلف، ج١، ص٨٠ ؛ الخلاف، ج١، ص٤٦٤ و المؤتلف، ج١، ص١٥٤ ؛ الخلاف، ج١، ص٥٨٨ و المؤتلف، ج١، ص٢٠٨ ؛ الخلاف، ج٦، ص٨٨ و المؤتلف، ج ٢، ص٤٧٠.
(٦٠) مؤلف به اين نكته در پايان جلد دوم تصريح كرده و مى‌نويسد : «شيخ در كتاب صلاة به اخبارى كه ازطرق خاصه وارد شده تمسك كرده كه آنها را حذف كردم؛ چون اولاً، او در كتاب‌هاى ديگر تا آخر كتاب اين گونه عمل نكرده است. ثانياً، اين روايات در كتاب‌هاى روايى مثل تهذيب و استبصار آمده است (ر . ك: المؤتلف، ج ٢، ص٦٠٩).
(٦١) به عنوان مثال، در كتاب طهارت و زكات در مسائلى، به اين گونه روايات استناد كرده است (مقايسه شود الخلاف، ج١، ص٥٢ ، م ٢ با المؤتلف، ج١، ص٧ ، م ٧ و الخلاف، ج١، ص٥٥ ، م ٥ با المؤتلف، ج١، ص٦ ، م٢ و الخلاف، ج٢ ص٧ ، م٢ و ص٩، م ٣ به ترتيب با المؤتلف، ج١، ص٢٦١ ، م ٢ و ٣).