میدان امام حسین(ع)، خیابان مولوی، شهرری، راه آهن و جوادیه و ...)، گروه های مردم به راه افتادند و با موتور، دوچرخه، اتوبوس، مینی بوس و هر وسیله شخصی و امکان دیگری که در دسترس بود، خود را به مرکز شهر

رساندند. در ابتدای رویارویی، مردم عموماً از کمربند یا سنگ استفاده می کردند، ولی زمانی که هواداران سازمان با سلاح های مختلف سرد و در چند جا سلاح گرم، حمله کردند، نیروهای سپاه و کمیته وارد عمل شدند. مردم در خلال این درگیری ها متحمل جرح و ضرب و قتل تعدادی از خود شدند. اولین خبر منتشره درمورد تعداد تلفات ٣٠ خرداد تهران، حاکی از آن بود که بیش از ١٦ تن از مردم کشته و ده ها نفر مجروح شده اند. ٨ تن از مجروحین نیز فردای آن روز به علت شدت جراحات وارده، در بیمارستان فوت کردند. صدای امریکا در خبر خود، وقایع ٣٠ خرداد تهران را از زمان روی کارآمدن جمهوری اسلامی بی سابقه توصیف کرد و اعلام نمود که در خلال درگیری های آن روز دست کم ٣٠ تن کشته شدند و ٢٠٠ تن مجروح گردیدند.

خیابان های محل درگیری در تهران وضعیت غریبی پیدا کرده بود، چهره های ملتهب، مغازه های تعطیل شده، اتوبوس های به آتش کشیده شده و دود لاستیک های سوخته چهره این مناطق را دگرگون کرده بود. هواداران سازمان (اغلب همان میلیشیای معروف) به همراه جمعی از هواداران دیگر گروه ها، در کوچه و خیابان، افرادی را که ازجهت هیئت ظاهری به حزب اللهی ها شبیه بودند، کتک زده و از آنها می خواستند که به نفع بنی صدر و سازمان شعار دهند، چوب و سنگ بر سر و روی افراد مقاومت می ریختند و با کارد و چاقو و تیغ موکت بری صورت و بدن آن را زخمی می کردند.

حضور گروه های مختلف مردم و پاسداران در خیابان های اصلی و مرکزی شهر کم کم وضع را دگرگون کرد و دستگیری مهاجمان آغاز شد. از حدود ساعت ٧ بعدازظهر، هواداران باقیمانده که مبهوت از این شکست بودند، با انفعال و سردرگمی، متفرق شدند و فضای شهر تحت کنترل نیروهای انتظامی آرام گرفت.

هم زمان در چند شهر مانند اصفهان، همدان، ارومیه، شیراز، اهواز، اراک، زاهدان، مسجدسلیمان، بندرعباس و مشهد نیز درگیری های پراکنده مشابهی در سطوح کوچک تری رخ داد که طی آنها نیز ده ها تن مجروح و چند تن کشته شدند.

حجت الاسلام هاشمی رفسنجانی رئیس مجلس نیز با اشاره به وقایع ٣٠ خرداد چنین گفت: "... خبر آشوب عصر [٣٠ خرداد] را که با پرچم داری منافقین و پیکار و اقلیت فدایی و به اسم رئیس جمهور درحال عزل انجام شد، اطلاع دادند. آنچه که واقع شد در آستانه طرح عدم کفایت سیاسی رئیس جمهور، خود بهترین گواه عینی عدم کفایت رئیس جمهور است."

آیت الله خامنه ای نیز طی سخنان مشروحی ضمن تأکید بر اینکه رأی به عدم کفایت بنی صدر ناشی از یک اختلاف حزبی و سیاسی نیست و درواقع یک مسئولیت الهی در پاسخ به خواست مردم است، به تفصیل، دلایل و اسناد عدم کفایت سیاسی بنی صدر را تبیین و ارائه نمود.

امام خمینی در اول تیرماه ١٣٦٠، در دیدار با اقشار مختلف مردم ضمن اشاره به وقایع ٣٠ خرداد و تجلیل از حضور ملت در صحنه دفاع از انقلاب، هواداران سازمان را به تفکر و توبه و جدایی از آشوبگران دعوت نمود:

"... به این جوان های گول خورده ای که از چند نفر گرگ گول خورده اند، نصیحت می کنم ... توجه داشته باشید این امری که دو روز پیش [٣٠ خرداد] اتفاق افتاد این را مطالعه کنید. ببینید چه بود؟ ... شما که بازی خوردید و سران جنایتکار منافقین شما را بازی دادند و خودشان در پناهگاه ها نشستند و شما را به خیابان آوردند و آن غائله اسفناک را به دست شما به بار آوردند. ... اعلام قیام مسلحانه در مقابل کیست؟ اعلام قیام مسلحانه در مقابل ملتی است که قریب بیست سال و اخیراً دو سه سال، خون خودش را داده و دست امریکا و بلوک او را و شوروی و بلوک او را از این کشور کوتاه کرده است. ... کراراً من [به بنی صدر] گفتم که بیا و از این گروهک های فاسد، از این منافقین، تبّری کن، حیثیت خودت را از دست نده، برو در ملأعام و اینها را از خود بران. اینها تو را به تباهی می کشند. ... من خیر این گروه ها را می خواهم، اگر این گروهک ها دست بردارند و در مقابل اسلام و کشور اسلامی قیام نکنند و آنهایی که قیام کردند توجه کنند و برگردند به دامن اسلام ... جوان ها و دخترها و پسرهای عزیز ما گول اینها را نخورند. از دامن اینها فرار کنند و به آغوش اسلام برگردند.