در این برهه، اخباری مبنی بر موضع گیری برخی مسئولان ساف به نفع سازمان مجاهدین خلق و دیدار هانی الحسن مشاور سیاسی یاسر عرفات و عضو کمیته مرکزی ساف با مسعود رجوی در ویلای کاظم رجوی (برادر مسعود رجوی) در فرانسه منتشر شد که در ابتدا، چند تن از رهبران ساف آن را تکذیب کردند، اما انتشار عکس های این دیدار در نشریه انگلیسی تایمز مالی و سخنان برخی مقامات سازمان آزادی بخش فلسطین مبنی بر آگاهی از رخ دادن کشتارهای وسیع در ایران و کاهش فعالیت اتباع فلسطینی در ایران و انتشار خبری مبنی بر حضور حداقل ٣٠٠ تن از اعضای سازمان مجاهدین خلق در پایگاه های ساف در بیروت، از رابطه عمیق و جانب دارانه رهبران ساف با سازمان مجاهدین خلق خبر می داد. ضمن آنکه سازمان مجاهدین خلق نیز خبر دیدار و حمایت ساف از سازمان مجاهدین خلق را تأیید کرد.

پس از قطعی شدن صحت خبر این دیدار، مقامات ساف درصدد توجیه آن برآمده و با ادعای احضار هانی الحسن به مقر ساف در بیروت، کوشیدند اهمیت موضوع را درحد یک اقدام شخصی تنزل دهند و گفتند که او دستوری برای این کار نداشته و این کار ابتکار شخص وی بوده است. درپی این ماجرا، هرچند مقامات و نهادهای انقلابی ایران به دلیل پاره ای ملاحظات از موضع گیری صریح دراین باره خودداری می کردند، اما بهزاد نبوی سخنگوی دولت جمهوری اسلامی ایران، موضع دولت را این گونه اعلام کرد: «اگر چنین ملاقاتی صورت گرفته باشد، ازنظر ما مردود است و ما از سازمان آزادی بخش فلسطین گله خواهیم کرد، چراکه این را می شود یک اقدام غیردوستانه تلقی کرد.» این موضوعات سبب شد رابطه ایران و ساف سردتر از قبل شود.

همچنین محمدحسین لواسانی مدیرکل سیاسی آسیا و افریقای وزارت امور خارجه، در مصاحبه ای در بیروت با نوعی مرزبندی بین موضوع "انقلاب و مردم فلسطین" و "سازمان آزادی بخش فلسطین" درباره تأثیر ملاقات در رابطه ایران با فلسطین گفت: «رهبر و ملت ایران قبل و بعد از انقلاب، با قدرت کامل پشتیبان انقلاب فلسطین بوده و هستند و اگر احیاناً بعضی از اطرافیان فلسطینیان نسبت به ما موضع خاصی دارند و یا برعکس، این مسئله هیچ گونه تأثیری بر اصل پشتیبانی انقلاب اسلامی ایران از انقلاب فلسطین نخواهد داشت.