به دنبال همکاری سپاه و ارتش در مراحل گوناگون طراحی عملیات، فرماندهان نظامی توافق کردند که در مرحله اجرا نیز فرماندهی و هدایت عملیات را به طور مشترک انجام دهند. بر این اساس، تیمسار قاسمعلی ظهیرنژاد فرمانده نیروی زمینی ارتش و یوسف کلاهدوز قائم مقام فرمانده کل سپاه پاسداران به همراه سرهنگ جوادی فرمانده لشکر٧٧ ارتش در شادگان و در کنار جاده ماهشهر به آبادان در چادری که زیر نخل ها برپا شده بود و درواقع قرارگاه مرکزی فرماندهی عملیات ثامن الائمه(ع) محسوب می شد، مستقر شدند. ستاد عملیات جنوب نیز فرماندهان هریک از محورهای عملیات را این گونه تعیین کرد:

- در جبهه دارخوین حسن باقری (مسئول اطلاعات ستاد عملیات جنوب) و سرهنگ دوم مهدی فرمنش (فرمانده تیپ٣ لشکر٧٧) فرماندهی عملیات و حسین خرازی و حجت الاسلام مصطفی ردانی پور نیز هدایت نیروها را در خط بر عهده دارند.

- در جبهه فیاضیه فرماندهی برعهده رحیم صفوی فرمانده ستاد عملیات جنوب و سرهنگ منوچهر کهتری فرمانده تیپ٢ لشکر٧٧ خواهد بود و احمد کاظمی و یدالله کلهر عهده دار هدایت نیروها در خط می باشند.

در جبهه ذوالفقاری (ایستگاه های ٧ و ١٢) فرماندهی عملیات را غلامعلی رشید جانشین فرمانده ستاد عملیات جنوب به همراه سرهنگ منوچهر امینیان فرمانده تیپ١ لشکر٧٧ برعهده خواهند داشت و محمدجعفر اسدی و مرتضی قربانی نیز در صحنة نبرد در این محور حضور می یابند.

- در جبهه ماهشهر هم مسئولیت فرماندهی برعهده اسحاق عساکره بوده و فرمانده یگان ژاندارمری در این محور حضور خواهد داشت.[١]

چنان که اشاره شد، برای فرماندهی و هدایت نیروهای در خط نیز هماهنگی هایی صورت گرفت. باتوجه به برتری استعداد نیروهای پیاده سپاه نسبت به ارتش و شناسایی های خوبی که آنها از زمین و منطقه انجام داده بودند، همه فرماندهان نیروهای پیاده از افراد سپاه پاسداران انتخاب شدند.[٢]-[٣]

[١] عملیات ثامن الائمه، مبدأ تحول در استراتژی نظامی ایران، پیشین، صص ٣١٠ و ٣١١؛ و - سید علی بنی لوحی، هادی مرادپیری، محسن محمدی، نبردهای شرق کارون به روایت فرماندهان، تهران: مرکز مطالعات و تحقیقات جنگ، ١٣٧٩، ص١٨٣.

[٢] در جلسه جمع بندی عملیات در آبادان رحیم صفوی در گزارشی دراین خصوص گفت: «تمامی فرماندهان پیاده محورها را سپاه عهده دار بود و برادران ارتشی چندین مرتبه اعتراض کردند، چرا من که درجه سروان - ستوان دارم [را] فرمانده نگذاشته اید و از سپاه گذاشته اید، ولی به علت شناسایی که برادران در منطقه داشتند می توانستند هدایت عملیات را به خوبی به عهده بگیرند و درضمن فرمانده تیپ٢ [سرهنگ کهتری] خود به من گفت بیشتر فرماندهان را از سپاه بگذارید.» بنادری فرمانده در خط ایستگاه ١٢ نیز دراین باره می گوید: «یکی از ویژگی های عملیات در این قسمت این بود که بیشتر فرماندهان نیروهای پیاده این منطقه و فرمانده گروهان از سپاه مشخص شده بودند.» (سند شماره ٢١٧٦١ مرکز مطالعات و تحقیقات جنگ، پیشین، صص٤ - ٣ و ١٢» البته محل قرارگاه فرماندهی سپاه با ارتش در این محور مانند عملیات های بعدی به صورت ادغامی نبود بلکه چندصد متری از هم فاصله داشتند و درصورت نیاز، فرماندهان پاره ای از تصمیم گیری های مشترک را باهم هماهنگ می کردند. اما افراد گردان ها با یکدیگر ادغام شده بودند. (برگرفته از تاریخ شفاهی سردار سرلشکر دکتر غلامعلی رشید، (منتشر نشده)، ٢٣/٦/١٣٨٨)

[٣] عملیات ثامن الائمه مبدأ تحول در استراتژی نظامی ایران، پیشین، صص ١٣ و ١٠٣؛ و - سند شماره ٠٢١٧٦١ مرکز مطالعات و تحقیقات جنگ: گزارش طرح عملیاتی، ٥/٧/١٣٦٠، آبادان، دارخوین، ماهشهر، ٧/٧/١٣٦٠، صص ٣ و ٤.