نظام نشد، ولی سازمان در پروسه کوتاه مدت، هرچند وقت یک بار، شکل سازماندهی را عوض می کرد و معتقد بود که می بایست با نظام به توازن قوا برسیم تا بتوانیم اراده خود را بر او تحمیل کنیم. همچنین سازمان و خصوصاً رجوی به

اعضای مرکزیت چنین تحلیل می داد که رژیم ملاها قادر بر سیستم سازی نبوده و قدرت حل مشکلات سیاسی - نظامی را نداشته و مردم را از دست می دهد و در روابط بین المللی محلی از اعراب ندارد.

بعد از چند ماه از پیروزی انقلاب، [سران سازمان] اقدام به چینش نیرو در ارگان ها نمودند؛ در رادیو، تلویزیون، ارتش، سپاه، بیت امام و وزارتخانه ها، افرادی که هوادار بودند، [در این ارگان ها وارد شدند و] طبق توصیه سازمان، به صورت مخفی با بخش امنیت و یا اطلاعات ویژه تماس داشتند.

از طرف دیگر، جمع آوری سلاح و تأسیس انبارهای جدید و نقل وانتقال سلاح ها و مهمات (خصوصاً از بعد از تیر ٥٩، در شروع فاز سیاسی - نظامی) آغاز شد. قبلاً مرکزیت مترصد فرصتی بود که به طور مشروع ارتش خلقی تشکیل دهد تا به توازن قوا با نظام دسترسی پیدا کند. قضیه ١٣ آبان و تسخیر لانه جاسوسی و بعداً مسئله احتمال حمله امریکا، این فرصت را در فضای سیاسی آن موقع کشور برای سازمان مهیا کرد که بخش میلیشیا را تشکیل دهد. از این موقع به بعد، سازمان امید به پیروزی داشت.

مکرراً احتمال برخورد نظامی با جمهوری اسلامی را به ما گوشزد می کردند و ما به نیروهای تحت امر، مرتباً آماده باش می دادیم. شناسایی مراکز کمیته و سپاه و ارگان های انقلابی نظام شروع شده بود و مستمراً اخباری از درون نظام به گوش ما می رسید که حاکی از وجود نفوذی ها در درون نظام است. سازمان، به امید اطلاعات آنها، طرح ریزی می کرد.

در مخاصمات سیاسی، سازمان دنبال وجه مشروع مبارزه قطعی می گشت. [با] پذیرش بنی صدر برای ائتلاف مخفی با سازمان، لیبرالیسم -که وجه قابل توجه حاکمیت بود و تعداد زیادی از مناصب و پست ها را اشغال کرده بود - به خدمت سازمان درآمد.

بعد از [ماجرای] ١٤ اسفند، که بعضی گروه ها مانند "جنبش مسلمانان مبارز" از سازمان بُریدند، قسم دیگری به سمت سازمان آمدند، مثل اتحادیه کمونیست ها، حزب رنجبران و تا حدی پیکار، حزب دمکرات و جناح هایی از جبهه ملی.

از اوایل سال ١٣٦٠، برنامه ریزی ها، آشکارا به سمت براندازی کامل می رفت. در کتابی که جمعی از جداشدگان سازمان در سوئد منتشر ساخته اند، درمورد تصمیم رجوی به شروع مرحله جنگ مسلحانه پس از بازگشت از سفر مخفیانه به فرانسه در اواخر سال ٥٩، چنین آمده است: ... مسعود پس از بازگشت از فرانسه، در ابتدای سال ٦٠ با دستپاچگی هرچه تمام تر فاز نظامی را طراحی و پیشنهاد کرد. حتی مسعود با مقاومت های اعضای مرکزیت به سختی مقابله نمود. به عبارت دیگر [زمان آغاز] این فاز نظامی را به آنان تحمیل کرد.

سازمان فضای سیاسی اردیبهشت و خرداد را چنان غلیظ و خشن کرده بود که هیچ یک از هواداران جز به تغییر حاکمیت فکر نمی کرد. پی در پی به آنان تحلیل می رسید که رژیم رفتنی است و از عهده [حل] مشکلات برنمی آید و ... .

پس از طرح و تصویب عدم کفایت سیاسی بنی صدر، سازمان می پنداشت می تواند بر موج سیاسی به وجودآمده سوار شود؛ همه چیز هم ازنظر رهبری سازمان، آماده و مهیا بود؛ نفوذی ها رشد کرده بودند و اطلاعات تشکیلات هم به زعم خودش کامل شده بود، سازماندهی درونی هم آماده بود. سازمان، درضمن، می پنداشت که به دلیل اشتغال نیروهای مسلح نظام در جبهه ها، هیچ قدرت قابل محاسبه ای را رودرروی خود نخواهد داشت؛ بنابراین این تشکیلات بریده از مردم، که مردم را با وهم و پندار محض می نگریست، بر آن شد که ضربه اول را وارد سازد.

تصور سران سازمان این بود که نظام جمهوری اسلامی قادر نیست خود را جمع وجور کند و ضربه اول را پاسخ گوید؛ چراکه در تحلیل سازمان، افکار عمومی آماده قیام علیه نظام بود و از بعد نظامی هم نظام در اوج استیصال بود. عراق مرتب حمله می کرد و شهرها و مناطق متعددی هم در اشغال عراق بود. ازنظر تشکیلاتی و سازماندهی نیز نظام - نه کمّاً و نه کیفاً - توان و آمادگی سازمان دادن به طرف دارانش را نداشت. از بُعد اجتماعی هم مردم کاملاً از نظام جدا شده و تحت تأثیر تبلیغات شش ماهه قبل از ٣٠ خرداد، آماده تغییر حاکمیت شده بودند. از بُعد سیاسی و دیپلماتیک نیز کشورهای منطقه، آماده بودند به یک جایگزین که با آنها هم گرایی بهتر و