براساس لايحه فوق، انتخابات مجلس خبرگان قانون اساسى در تاريخ ١٢ مرداد ١٣٥٨ برگزار شد و اين مجلس به طور رسمى در تاريخ ٢٨ مرداد ١٣٥٨ كار خود را شروع كرد. نتيجه اين انتخابات به گونه‌اى بود كه تمامى احزاب و گروههاى سياسى ملى، چپ‌گرا و انواع جنبشها را بهت‌زده كرد؛ چرا كه از مجموع ٧٣ نماينده، گروههاى غيرمذهبى فقط توانستند ٦ نماينده؛ يعنى حدود ٨ درصد مجلس را به خود اختصاص دهند (خواجه‌سروى، پيشين، ص ١٨٣). در مقابل، ٦٩ درصد مجلس به فقها و روحانيون اختصاص يافت و حزب جمهورى اسلامى موفقيت چشمگيرى به دست آورد، در حالى‌كه احزاب ليبرال و چپ‌گرا شكست سنگينى را متحمل شدند (ر. ك به: اسماعيلى، پيشين، صص ١٢٣- ١١٩). نتيجه اين انتخابات و تركيب نمايندگان مجلس، دولت موقت و شخص مهندس بازرگان را متعجب ساخت؛ به گونه‌اى كه اصرارش را بر تشكيل مجلس مؤسسان بزرگ‌ترين اشتباه خود دانست‌ (برزين، ١٣٧٤، ص ٢٩٥). وى در كتاب خود، پيامدهاى تشكيل اين مجلس (با اكثريت ٦٩ درصدى فقها) و به خصوص حاكميت يافتن اصل ولايت فقيه را برشمرده است. (بازرگان، ١٣٦٢، ص ١٨٣)

لايحه پيشنهادى پيش‌نويس قانون اساسى از همان ابتداى شروع كار مجلس بررسى نهايى قانون اساسى مورد انتقاد نمايندگان قرار گرفت. مخصوصاً در جلسات سوم، چهارم و هشتم كه بحث درباره كليات پيش‌نويس و تصميم‌گيرى درباره آنها انجام مى‌شد، اين انتقادات به اوج خود رسيد. در جلسه سوم محمد كرمى، نماينده استان خوزستان، با بيان اينكه «بايد بدانيم كه اسلام، بلكه عموم اديان، پديده‌اى است تعيين كننده؛ نقش وحى خداوندى، نه آراى افراد و سرنوشت عموم مكلفين به او ارتباط دارد، نه به خود آنها. پس جعل قانون در برابر وحى آسمانى خروج از دين است» شروع به انتقاد از پيش‌نويس قانون اساسى كرد و گفت: «متأسفانه مطلب مزبور حتى بر تدوين‌كنندگان پيش‌نويس قانون اساسى محل توجه نبوده يا اصلًا درك نكرده‌اند و به علت عدم شناخت مبانى اسلام، پيش‌نويس مزبور پر از انحراف و اغلاط علمى به دست آمده ... [است‌]». (صورت مشروح مذاكرات مجلس ...، پيشين، ص ٣٩)

جلال‌الدين فارسى، نماينده استان خراسان، نيز در جلسه چهارم در انتقاد از