منظور از ولايت امر و امامت امت همان «حاكميت» از طريق رهبرى است كه به عنوان مقام حاكم بر كل امور و شؤون كشور نظارت، اشراف و سلطه همه جانبه (تشريعى، تنفيذى و قضايى) دارد. اين ساختار حقوقى و سياسى اصولًا با هدف منظور در نظريه تفكيك قوا (محو تمركز قدرت) منافات دارد؛ لذا نمى‌توان ساختار سياسى جمهورى اسلامى ايران را با تفكيك قواى موجود در ساير دمكراسى‌هاى معاصر به طور كامل منطبق دانست. (هاشمى، ١٣٧٥، صص ١٠- ٩)

تأكيد بر نقش ولايت فقيه در مشروعيت‌بخشى به حاكميت سياسى و تضمين عدم انحراف‌سازمانها و نهادهاى‌سياسى از وظيفه‌عمده‌خود، ناشى از حاكميت آموزه‌هاى حكومتى، مشروعيت ندارد مگر اينكه از سوى او اجازه حكومت كردن داشته باشد و اين اجازه بر اساس انديشه شيعه از طريق پيامبر اسلام به جانشينان معصوم او- ائمه اطهار (ع)- و از طريق آنها به فقهاى جامع‌الشرايط منتقل مى‌شود.

بدين‌ترتيب حكومت فقيه‌عادل، مأذون از جانب شارع بوده و عامل مشروعيت حكومت در عصر غيبت است و به همين دليل، هيچ قدرتى در عرض قدرت آن پذيرفته نمى‌شود؛ مگر اينكه با اجازه او به‌ديگرى تفويض شده‌باشد و در طول قدرت سياسى او قرار گيرد. بنابراين مسئله توسعه سياسى مورد نظر در فلسفه سياسى غرب كه در آن بحث تفكيك قوا از شروط اساسى به شمار مى‌رود، در نظام سياسى ناشى از حاكميت يافتن آموزه‌هاى شيعى جزء اهداف اساسى محسوب نمى‌شود و كل قدرت سياسى در اختيار معصوم يا جانشينان عادل او قرار مى‌گيرد و اصولًا پيدايش و تشكيل هر نهاد سياسى مشروع منوط به اجازه اوست. در قانون اساسى جمهورى اسلامى ايران نيز در اثر حاكميت يافتن چنين انديشه‌اى، بحث تفكيك قوا پذيرفته نشده است. در واقع؛ قانون اساسى شرايط حاكميت‌يافتن ولى فقيه جامع‌الشرايط را فراهم مى‌آورد كه در آن تمام نهادهاى سياسى زير نظر او به فعاليت مى‌پردازند و چنين فعاليتى به مثابه تقسيم يك وظيفه مشخص جهت انجام كارامد آن است. در واقع؛ تشكيل نهادهاى مختلف در اين نظام سياسى به‌مثابه ابزارهايى در دست ولى فقيه براى انجام وظايف به نحو مطلوب و كارامد است و تمام نهادها نيز مشروعيت خود را از او كسب مى‌كنند. در حاكم شدن اين ديدگاه بر قانون اساسى، امام خمينى‌