رئيس‌جمهور، مردم يا مجلس نيستند، بلكه فقها قدرت برتر جامعه محسوب مى‌شوند. از سوى ديگر ولى فقيه كه لازم نيست حتما ايرانى تبار باشد، در برابر مجلس يا هر قدرت ديگرى ملزم به سوگند ياد كردن نيست در حالى‌كه براساس اصل ٨٤ نمايندگان مجلس شوراى اسلامى در برابر تمام مردم مسئولند و بايد سوگند ياد كنند. (ر. ك به: ميلانى، ١٣٧٩، صص ١٩٦- ١٩٥)

همچنين با اينكه فصل سوم قانون اساسى، حقوق سياسى و مدنى و آزاديهاى بسيارى به مردم اعطا مى‌كند، اما اين آزاديها نمى‌تواند سبب نقض قوانين الهى يا دستورات دينى شود. مثلًا؛ احزاب سياسى مى‌توانند آزادانه فعاليت كنند؛ به شرطى كه فعاليت آنان معيارهاى اسلامى يا بنيان نظام جمهورى اسلامى را نقض نكند. بر اين اساس حقوق و اقتدار مردم، نظير حق رأى همگانى، زمانى كه به مخالفت با اعتقادات اسلامى برخيزند، به پايان مى‌رسد و ممكن است اين حقوق با مداخله ولى فقيه و شوراى نگهبان اصلاح يا محدود شود. از اين رو آن را اقتدار محدود مردمى ناميده‌اند. به اين ترتيب اقتدار مردمى حاكميت سياسى، در طول اقتدار دينى آن قرار مى‌گيرد و از سوى اقتدار دينى محدود و مشروط مى‌شود؛ زيرا خاستگاه حاكميت سياسى و مشروعيت قدرت سياسى در جمهورى اسلامى ايران از يك منشأ واحد سرچشمه مى‌گيرد.

از سوى ديگر هرچند كه قانون اساسى جمهورى اسلامى ايران به نوعى استقلال و تفكيك قوا را پذيرفته است، اما در آن تفاوت بارزى نسبت به نظامهاى سياسى ديگر به چشم مى‌خورد؛ به اين معنى كه، در نظام كلاسيك تفكيك قوا، قدرت كامل ديگرى مافوق قواى سه‌گانه وجود ندارد و اصولًا تفكيك قوا براى آن است كه قدرت مافوقى وجود نداشته باشد و قواى سه‌گانه قدرت يكديگر را تعديل كنند تا نتوان از آن سوءاستفاده كرد؛ در حالى‌كه براساس اصل پنجاه و هفتم قانون اساسى قواى سه‌گانه در جمهورى اسلامى ايران زير نظر ولايت امر و امامت امت اعمال قدرت مى‌كنند و اين نظارت ناشى از ولايت فقيه عادل در زمان غيبت ولى عصر (عج)- بر اساس اصل پنجم قانون اساسى- به عنوان يكى از اصول بنيادى نظام سياسى در جمهورى مى‌باشد.