علاوه بر حضور ٦٩ درصدى مجتهدان شيعه در بين نمايندگان مجلس بررسى نهايى قانون اساسى، پيام امام خمينى نيز به اين مجلس به‌مثابه يك فرمان حكومتى و لازم‌الاتباع براى نمايندگان بوده است. امام خمينى در اين پيام با اشاره به رأى اكثر قريب به اتفاق ملت به «جمهورى اسلامى» و به رسميت شناخته شدن آن از سوى كشورهاى جهان، اعلام كرد: «قانون اساسى و ساير قوانين در اين جمهورى بايد صد درصد براساس اسلام باشد و اگر يك ماده هم برخلاف احكام اسلام باشد، تخلف از جمهورى و آراى اكثريت قريب به اتفاق ملت است. براين اساس هر رأى يا طرحى كه از طرف يك يا چند نماينده به مجلس داده شود كه مخالف اسلام باشد، مردود و مخالف مسير ملت و جمهورى اسلامى است و اصولًا نمايندگانى كه براين اساس انتخاب شده باشند وكالت آنان محدود به حدود جمهورى اسلامى است و اظهار نظر و رسيدگى به پيشنهادهاى مخالف اسلام يا مخالف نظام جمهورى خروج از حدود وكالت آنها است». (امام خمينى، ١٣٧٨، ج ٩، ص ٣٠٨)

بنابراين همه‌پرسى جمهورى‌اسلامى و رأى قاطع ملت به آن به‌مثابه چارچوب تخطى‌ناپذير نظام سياسى آينده ترسيم شده كه بايد قانون اساسى نيز بر همان اساس تدوين مى‌شد. همچنين وكالت نمايندگان نيز تنها در همان محدوده قابل تعريف و اعمال بوده و حق وضع قوانينى را كه برخلاف اسلام يا جمهورى باشد، نداشته‌اند.

امام خمينى در بند سوم پيام خود تشخيص مخالفت يا موافقت اصول قانون اساسى با اسلام را بر عهده فقهاى موجود در مجلس گذاشته و دخالت ساير نمايندگان را در اين امر نفى كردند: «تشخيص مخالفت و موافقت با احكام اسلام منحصراً در صلاحيت فقهاى عظام است كه الحمداللَّه گروهى از آنان در مجلس وجود دارند و چون اين يك امر تخصصى است، دخالت وكلاى محترم ديگر در اين اجتهاد و تشخيص احكام شرعى از كتاب و سنت دخالت در تخصص ديگران بدون داشتن صلاحيت و تخصص لازم است. البته در ميان نمايندگان افراد فاضل و لايقى هستند كه در رشته‌هاى حقوقى و ادارى و سياسى تخصص دارند و صاحبنظرند كه از تخصصشان در همين جهات قوانين استفاده مى‌شود و در صورت اختلاف متخصصان، نظر اكثريت متخصصان معتبر است». (همان، ص ٣٠٩)