در اين ميان، قيام تنباكو كه با رهبرى دينى مرجعيت شيعه صورت گرفت زمينه ساز نهضت مهم بعدى؛ يعنى نهضت عدالتخانه بود. جنبش تنباكو و تبعيت مردم از علما در دفاع از منافع ملى و مخالفت با نفوذ بيگانگان، حركتى اصيل و مردمى بود كه قدرت واقعى علما و تأثيرگذارى آنها در جامعه را به نمايش گذاشت. علاوه بر آن، اين نهضت نقطه آغازين پيدايش يك فكر عمومى در جامعه بود كه به مردم نشان داد، مى‌توان به حكومت انتقاد و حمله كرد و لغو امتياز اعطا شده را خواستار شد.

قدرت بسيج اجتماعى روحانيت شيعه به عنوان هسته بسيج‌گر جنبشها و نهضتهاى تاريخ معاصر ايران بر همگان روشن و آشكار است، ولى برخى از تاريخ نويسان تلاش كردند در تحليل اين نهضتها نقش روحانيت را كم رنگ كنند. به عنوان مثال در رابطه با نهضت تنباكو مسائلى مانند آثار منفى مالى، فشار اقتصادى، واكنش روسها و دربار و حتى اينكه ميرزاى شيرازى به توصيه شاه فتواى تحريم را صادر كرد، مطرح شد (دولت‌آبادى، ١٣٥٦، صص ١٢٠- ١٠٠). اما به رغم اين تلاشها، زمانيكه آثار فتواى ميرزا شيرازى روشن شد حتى افرادى مانند ميرزاملكم خان در روزنامه قانون ضمن تأييد اين نقش، خواهان ادامه راه تا پايان توسط مرجعيت شيعه مى‌شود:

«نهضت اخير عليه انحصار تنباكو، قدرت پنهانى اسلام را نشان داد ولى هدف اين هيجان عمومى يك موضوع كوچك و درجه دوم بود. مهم‌تر از آن تمام تشكيلات استبدادى و فشارى است كه امكان دارد حقوق ملت به بيگانگان فروخته شود.

وظيفه علما و از همه بالاتر ميرزا حسن شيرازى به عنوان مرجع تقليد آن بود كه اعلام نمايند كه اطاعت از حكومت استبداد بر خلاف آنچه دولت وانمود مى‌سازد يك وظيفه دينى نيست. هرگاه فردا علماى عظام در مساجد ايران اعلام فرمايند كه اجراى اوامر ظلم منافى روح اسلام و مخرّب آسايش عالم و مستوجب قهر الهى است، كدام ظالم است كه در مقابل چنان اعلام عام از مستى غرور خود سراسيمه بيدار نشود.»

همان‌گونه كه اشاره شد مجموعه تحولات كشور، نوعى بيدارى را در جامعه ايران ايجاد كرد و با هدف قرار دادن استبداد به عنوان ريشه مشكلات كشور،