علاوه بر اين، شمس‌الدين در آثار خود به مهم‌ترين شبهات موجود در مورد نابرابرى سياسى و حقوقى افراد در احكام اسلام از جمله نابرابرى ميان زن و مرد و مسلمان و غير مسلمان به طور مفصل پاسخ داده است كه در اين جا به طور مختصر به آن اشاره مى‌شود.

الف- مسئله حقوق سياسى زنان در اسلام: شمس‌الدين با نگارش كتاب «اهلية المرأة لتولى السلطه» ضمن توضيح مفصل برخى احكام اسلامى كه در آن تفاوتهايى براى زن و مرد در نظر گرفته شده، اثبات مى‌كند كه زنان نه تنها حق مشاركت در كليه امور سياسى را دارند، بلكه در زمامدارى و حكومت ايشان نيز هيچ اشكالى وجود ندارد. وى در اين كتاب توضيح مى‌دهد كه در اسلام بزرگ‌ترين و مهم‌ترين وظيفه زن، اداره خانواده و پرداختن به امور زندگى زناشويى و خانوادگى است، اما بى‌شك اين امر تنها وظيفه شرعى زن در اسلام نيست و زن مى‌تواند در برخى حالتها به مشاركت در ساير ابعاد زندگى اجتماعى و سياسى بپردازد (شمس‌الدين، ١٩٩٦، ص ١١). از نظر شمس‌الدين بر اساس آيات متعددى از قرآن كريم چون: «يا ايها الناس اتقوا ربكم الذى خلقكم من نفس واحدة» (النسا/ ١٨) (اى مردم بترسيد از پروردگارتان، آن كه شما را از يك تن بيافريد) و رواياتى چون: «المؤمنون بعضهم أكفاء بعض» (مؤمنان همسر و همسطح يكديگرند) (همان، صص ١٣- ١٢)، زن در نظام اسلامى از لحاظ كرامت، شايستگى و حقوق جايگاهى همانند مرد دارد. شمس‌الدين تأكيد مى‌كند در آيين اسلام خداى متعال براى هيچ كس ولايت بر زن قرار نداده مگر در دو مورد: اول؛ ولايت پدر و پدربزرگ بر دختر در هنگام ازدواج به شرط آنكه باكره باشد و دوم؛ ولايت مرد بر همسر خويش در زندگى زناشويى نسبت به كاميابى جنسى‌ (همان، ص ١٨). البته شمس‌الدين توضيح مى‌دهد ولايت در مورد اول نيز مطلق، استبدادى و مستقلانه نبوده و در چارچوب توجه به مصلحت دختر و در كنار ولايت شخصى او قرار دارد. از سوى ديگر شمس‌الدين تأكيد مى‌كند كه تفاوتهاى موجود در مورد برخى احكام حقوقى زن و مرد در اسلام؛ يعنى شهادت، ارث، ديه و حق طلاق از جايگاه شرايط اقتصادى- اجتماعى زن و طبيعت روابط زناشويى و نهاد خانواده سرچشمه گرفته و هيچ ربطى به كرامت يا صلاحيت كلى زن ندارد. (همان،