مذاهب مهم موجود، دو نوع مذهب شخصى و مدنى يا سياسى و حتى دولتى را از هم تفكيك مى‌كند. وى در اين زمينه مى‌گويد: «هرگاه مذهب را نسبت به جامعه، كه يا عمومى است يا خصوصى، بسنجيم متوجه مى‌شويم كه آن بر دو نوع است: مذهب يك فرد مستقل و مذهب يك عضو جامعه» (همان). وى مذهب شخصى را قلبى يا درونى و اخلاقى مى‌داند و ديگرى را مذهب مدنى ياسياسى؛ يعنى «مذهب رسمى يك ملت خاص» (همان). در تعبير او مى‌توان مذاهب نخست را «حقوق الهى طبيعى ناميد» (همان). حال آنكه مذاهب نوع دوم را مى‌توان حقوق الهى مدنى مثبت و قطعى ناميد. وى مدعى است: «تمام مذهبهاى ملتهاى قديم از اين قبيل بوده‌اند» (همان).

روسو ادعا مى‌كند: «يك نوع مذهب ديگر وجود دارد كه ... براى مردم دو نوع قانون، دو رئيس و دو وطن قائل مى‌شود» (همان)؛ يعنى «آنها را به تكاليف متضاد موظف مى‌نمايد» (همان). در نتيجه «مانع مى‌شود كه بتوانند در عين حال هم مؤمن و مقدس باشند و هم وطن‌پرست» (همان). اين‌گونه اديان گرفتار دوآليسم سياسى و حاكميتى مى‌باشند؛ يعنى دچار آيين دو شمشير و جدايى دين از سياست هستند. اين دوگانگى حاكميتى، مانع وحدت و يگانگى اجتماعى و سياسى خواهد شد.

همان گونه كه اين دوآليسم به روايتى تحت تأثير ثنويت زرتشتى‌گرى ايرانى، در نظريه سياسى «سنت اگوستين» (قرن ٦ م)، بنيانگذار فلسفه سياسى مسيحيت و در كتاب پرآوازه «شهر خداى» وى پرورش و نمادين گشته و در نظريه پاپ «گلاسيوس اول» (قرن ٦ م) تحت عنوان «آيين دو شمشير» رسميت يافته است. روسو «مذهب لاماها، ژاپنى‌ها و رومى‌هاى مسيحى» (همان) را از اين قبيل مى‌انگارد. وى بدين ترتيب نتيجه مى‌گيرد: «هرگاه اين سه مذهب را از نظر سياسى مورد قضاوت قرار دهيم، متوجه مى‌شويم كه هر سه ناقص مى‌باشند» (همان). بنابراين براى سامان‌دهى و راهبرد نظام سياسى و كشور، نارسا و حتى ناسازوار بوده و در نتيجه ناكارامد هستند.

او در نهايت مذهب مسيحى رومى را «مذهب كشيشان» (همان)؛ يعنى دست‌ساز و دستاويز آباى كليسا دانسته و بيان مى‌كند: «اين مذهب نوعى حقوق مختلط است كه هيچ گونه نامى ندارد»؛ يعنى حقوق به اصطلاح التقاطى كه به نام تئوكراسى يا حكميت كليسا و كشيشان تحت عنوان حاكميت قانون اللهيون بوده و مدعى الوهيت‌