مردم بر همين منوال تا دوران سلطنت قاجار ادامه يافت. بر اين اساس، مردم در روابط اقتصادى و اجتماعى خود طبق فتاواى مجتهدين يا مراجع تقليد عمل مى كردند و دولتها براى حفظ امنيت داخلى و خارجى تلاش مى‌نمودند. البته دولت بنا بر ماهيت استبدادى خود بر مال و جان مردم سلطه داشت و در مواقعى به تعرّض به آنان مبادرت مى‌ورزيد. در چنين مواقعى باز، مرجع تظلم‌خواهى مردم روحانيت بود. بر همين اساس، در دوره قاجار كه به تعبيرى ظلم حكام از حد گذشته بود نهضتهاى متعددى با رهبرى روحانيت به وجود آمد كه نهضت تنباكو و انقلاب مشروطه از بارزترين آنان است. با توجه به توضيحات فوق درمى‌يابيم كه اداره‌كننده عمده جامعه ايران قبل از روى كار آمدن سلسله پهلوى، روحانيت بود و شاه گستره محدودى از اقتدار را طبق عرف تصاحب كرده بود. امور قضايى، آموزش و پرورش، قانونگذارى، نظام تأمين اجتماعى، امور مذهبى و اداره امور بازرگانى و اقتصادى همگى به عهده روحانيت بود. هر چند شاهان بنا بر خوى استبدادى خود در كليه امور دخالت داشتند و به زور هر كارى را انجام مى‌دادند، اما در عرف غالب، روحانيت اداره‌كننده اصلى اجتماعات مردمى بودند.

حال ببينيم روحانيت به چه نحو انتخاب يا منصوب مى‌شد و چگونه امور را اداره مى كرد. براساس آنچه از متون تاريخى استفاده مى‌شود، بايد گفت كه نحوه انتخاب روحانيت در مناصب مختلف براساس انتخاب يك درجه‌اى يا دو درجه‌اى مردم بوده است. به اين صورت كه مردم مراجع خويش را انتخاب مى كردند و مراجع مسئولين نهادهاى تحت اقتدار خويش را برمى‌گزيدند. «فرد» هر يك از مجتهدين واجد شرايط را كه اعلم و اعدل تشخيص مى‌داد انتخاب مى كرد. انتخاب مراجع با مراجعه، تحقق عينى مى‌يافت. عدول از مرجع نيز مرسوم بود. هر گاه فرد مرجع منتخب خويش را كم‌سوادتر از ديگرى تشخيص مى‌داد يا بى‌عدالتى از او مى‌ديد، با مراجعه به مرجعى ديگر اعتراض خويش و انتخاب جديد خود را به منصه ظهور مى‌گذاشت. اين انتخاب كاملًا آزاد و با وجدانى كاملًا بيدار صورت مى‌پذيرفت و عمدتاً از جنجال و به كارگيرى احساسات شديد به دور بود. امروزه هم نحوه انتخاب مرجع تقليد به همين سياق سنتى و گذشته است.