طورى كه آلگار مى‌گويد: «بنا به سنت، انتصاب شيخ‌الاسلام‌ها براى نظارت محاكم شرع در شهرها و انتصاب امام‌جمعه‌ها براى پيش‌نمازى و سخنرانى مذهبى وظيفه دولت بود. شاه در اين انتصابها تمايلات عمومى را ملحوظ مى‌داشت و امام‌جمعه‌ها عموماً تا نيمه دوم سده نوزدهم بيطرفانه و با استقلال انجام وظيفه مى كردند. قبول چنان مقاماتى موجب نمى‌شد كه امام‌جمعه احترام خود را در نظر عموم از دست بدهد يا در دستگاه ادارى دولت جذب شود». (همان، ص ٣٤)

اما در مجموع علما مواظب بودند از دولت بركنار باشند. آلگار اين وضعيت را چنين توضيح مى‌دهد: «... علما تا حد زيادى از همراهى با دولت پرهيز مى كردند. از آنجا كه دولت فى‌نفسه نماينده استبداد بود رابطه نزديك با آن را شايسته مقام مرجع تقليد نمى‌دانستند». (همان، ص ٣٣)

به طور كلى علما به عنوان نوّاب عام امام زمان (عج) داراى اقتدار اجتماعى و سياسى بودند. به همين علت در نزد مردم محترم شمرده مى‌شدند. ارتباط علما با ديگر گروههاى مردمى نزديك بود. سازمان مذهبى گسترده‌ترين سازمان موجود در كشور بود. دادگاههاى شرع، مكتبخانه‌ها، مدارس علوم دينى و ارائه قوانين مدنى و اجتماعى به عهده آنان بود. بازار گوش به فرمان آنان بود و مشروعيت اعمال خود را از تأييد آنان به دست مى‌آورد. بودجه سازمان مذهبى از طريق اوقاف و تا اندازه‌اى از طريق خمس و زكات تأمين مى‌شد. نظام خمس و زكات در واقع يك نوع نظام تأمين اجتماعى بود كه علما اداره‌كننده آن بودند. جايگاه هر كس در سلسله‌مراتب قدرت اين سازمان به وسيله سواد و اقبال مردم مشخص مى‌شد. مرجع يا مراجع تقليد در رأس اين نظام بودند. هر گاه يك مرجع على‌الاطلاق پيدا مى‌شد، آثار وحدت در ميان جامعه مسلمين هويدا مى‌گشت.

طبق آنچه بيان شد، تا آن زمان غير از حفظ امنيت كه به عهده دولت بود، تمشيت امور مردم عمدتاً توسط روحانيت و مجتهدين با توجه به احكام اسلامى صورت مى‌پذيرفت. اين شيوه از دوره سربداران و تأليف كتاب لمعه توسط شهيد ثانى در بين شيعيان آغاز شده و در گذر زمان تا حدى تكامل يافته‌بود. حكومت سلسله صفويه به مديريت روحانيت شكل رسمى و فراگير بخشيد. نقش روحانيت در اداره اجتماعات‌