«آقای موسوی خوئینی ها مجلس را اداره می کرد، برق منطقه را به خاطر جلوگیری از سرایت آتش قطع کردند، ناچار مجلس هم تعطیل شد. ساعت ٥ دوباره برق آمد و مجلس کار خود را شروع کرد، من شرکت کردم و اجمالاً خبر را دادم، وحشت سختی ایجاد کرد. وزرا در دفتر من جمع شدند - این روزها مجلس پناه است - جلسه ای در تالار مجلس تشکیل دادند و راجع به نخست وزیر آینده تا ساعت ١١ شب، بحث شد و از جلسه وزرا برای خنثی کردن تبلیغات رادیوهای خارجی که می گفتند تمام هیئت دولت شهید شده اند، فیلم گرفتیم و در اخبار ساعت ٨ شب، پخش شد. من هم مصاحبه ای کردم. لحظات بسیار تلخی گذشت. بعد از فاجعه دفتر حزب و ازدست دادن آن همه هم سنگر و بعد از ده ها ترور شرورانه که تعداد زیادی از نیروهای ارزنده را از ما گرفته، تازه داشتیم به تعادل می رسیدیم، با تشکیل دولت و تقویت مجلس، که دچار این مصیبت شدیم.»[١]

درپی شهادت رجایی و باهنر، شورای موقت ریاست جمهوری متشکل از حجت الاسلام هاشمی رفسنجانی رئیس مجلس شورای اسلامی و سید عبدالکریم موسوی اردبیلی رئیس دیوان عالی کشور، اداره امور کشور را برعهده گرفت.[٢]-[٣]

[١] اکبر هاشمی رفسنجانی، عبور از بحران (کارنامه و خاطرات هاشمی رفسنجانی سال ١٣٦٠)، به اهتمام یاسر هاشمی، تهران: نشر معارف انقلاب، چاپ نهم ١٣٨٦، ص٢١٦.

[٢] آقای هاشمی رفسنجانی در کتاب خود آورده است: «از شورای نگهبان، درباره شورای موقت ریاست جمهوری که یک عضوش را - نخست وزیر - نداشت، سؤال کردم. گفتند چون اکثریت هستند، رسمیت دارد. شورای ریاست جمهوری اعلام داشت که وزرا، سرپرستی وزارتخانه ها را به عهده دارند. در این مدت کوتاه این بار دوم است که شورای ریاست جمهوری مسئولیت به عهده می گیرد.» (اکبر هاشمی رفسنجانی، عبور از بحران (کارنامه و خاطرات هاشمی رفسنجانی سال ١٣٦٠)، به اهتمام یاسر هاشمی، تهران: نشر معارف انقلاب، چاپ نهم ١٣٨٦، ص٢١٧) گفتنی است شورای موقت ریاست جمهوری روز بعد با صدور اطلاعیه ای رسماً شهادت رئیس جمهور و نخست وزیر را به آگاهی عموم مردم رساند و به همین مناسبت دوشنبه ٩ شهریور ١٣٦٠ را تعطیل و تا پایان هفته (جمعه ١٣ شهریور) را در سراسر کشور عزای عمومی اعلام کرد. متن این اطلاعیه چنین است: «بسم الله الرحمن الرحیم، من المؤمنین رجال صدقوا مردم مسلمان و انقلابی و فداکار ایران، جمهوری اسلامی ایران، بار دیگر، بهترین فرزندان خود را قربانی راه اسلام و ! " انقلاب و مستضعفان جهان کرد. رئیس جمهوری و نخست وزیر به دست ستون پنجم دشمن و نوکران امپریالیسم و صدام، شربت شهادت نوشیدند. اتحاد شوم نفاق چپ و راست، به دست امریکای جنایتکار، با انفجار بمب آتش زا، در یکی از دفاتر مشورتی ساختمان نخست وزیری، این دو مسلمان انقلابی و مکتبی و فداکار را از ملت قهرمان و ایثارگر ایران گرفت. شهید رجایی رئیس جمهور عزیز و شهید باهنر نخست وزیر محبوب به شهدای انقلاب پیوستند و جمعی از برادران عزیزمان مجروح شدند. انقلابی با ابعاد انقلاب اسلامی ایران، باید پذیرای چنین پیشامدهای ناگوار و تقدیم چنین قربانیان ارج دار باشند. خداوند سایه امام امت و رهبر عظیم الشأن انقلاب را تا حضور حضرت مهدی(عج) بر مستضعفان جهان مستدام بدارد. از شما ملت مسلمان و ایثارگر، انتظار می رود که یک بار دیگر با نشان دادن صبر و استقامت، با حضور در صحنه، شکست ناپذیری خود و انقلاب را به معرض نمایش بگذارید و دشمنان کوردل و شقاوتمند اسلام را، که با همه امکانات خویش به جنگ با این انقلاب برخاسته اند، مأیوس نمایید. شورای ریاست جمهوری با اجازه امام امت دوشنبه ٩ شهریور را تعطیل و تا جمعه سیزدهم شهریور در سراسر کشور عزای عمومی اعلام می کند و از همه مسئولان و اقشار مختلف به خصوص رزمندگان کشور در جبهه ها، انتظار دارد برای تحکیم و استقرار کامل جمهوری اسلامی به وظایف اسلامی و انقلابی خویش عمل کنند. پیکرهای مقدس شهدای عزیز و قربانیان اسلام و قرآن را امروز ساعت ١٠ صبح از مقابل مجلس شورای اسلامی، تشییع می کنیم، شهادت این فرزندان بزرگوار و فداکار را به پیشگاه امام عصر(عج) و رهبر انقلاب و ملت بزرگ و خانواده های عزادار تبریک و تسلیت می گوییم و یک بار دیگر، اعلام می داریم که خون شهدای اسلام ضامن پیروزی حق و نابودی کفر و نفاق خواهد بود.» (همان)

[٣] روزنامه اطلاعات، ٩/٦/١٣٦٠، ص٢.