الإسلاميّة أهّلته للاستقلال في الدرس وعدم حضور أبحاث الأساتذة الموجودين آنذاك ، ومكّنته من تأليف عدد كبير من كتبه ورسائله ، بل نستطيع أن نقول : إنّ أغلب آثار العلاّمة البلاغي كانت في هذه المرحلة :

ففي سنة ١٣٣٩ هـ أ لّف أنوار الهدى ، و البداء ، و البلاغ المبين ، و نصائح الهدى .

وفي سنة ١٣٤٢ هـ أ لّف العقود المفصّلة .

وفي سنة ١٣٤٢ ـ ١٣٤٤ هـ أ لّف كتابه المعروف الرحلة المدرسيّة .

وفي سنة ١٣٤٣ هـ أ لّف تعليقة على بيع المكاسب ، و رسالة في شأن التفسير المنسوب للإمام الحسن العسكري (عليه السلام) .

وفي سنة ١٣٤٤ هـ أ لّف رسالة حرمة حلق اللحية ، و دعوة الهدى إلى الورع في الأفعال والفتوى .

وفي سنة ١٣٤٥ هـ أ لّف أعاجيب الأكاذيب ، والردّ على الوهّابيّة .

وبين سنة ١٣٤٦ و ١٣٤٨ هـ أ لّف نسمات الهدى .

وفي أواخر سنة ١٣٤٩ هـ بدأ بتأليف تفسيره المعروف آلاء الرحمن الذي استمرّ في تأليفه حتّى وفاته سنة ١٣٥٢ هـ .

وفي هذه المرحلة أيضاً كتب مراسلاته العلميّة الخمسة :

الأُولى سنة ١٣٤١ هـ ، جرت بينه وبين السيّد محسن الأمين .

الثانية سنة ١٣٤٥ هـ ، كتبها للشيخ إبراهيم المظفّر عند ما أراد تأليف رسالته نصرة المظلوم .

الثالثة سنة ١٣٤٧ هـ ، كتبها جواباً على رسالة تحتوي على بعض الأسئلة العلميّة بعثها إليه من تبريز الحاجّ عبّاس قلي الواعظ الجرندابي .

الرابعة سنة ١٣٥١ هـ ، كتبها جواباً لرسالة جاءته من السيّد محسن الأمين .

الخامسة سنة ١٣٥٢ هـ ، كتبها للسيّد محسن الأمين أيضاً .