آن سامان، فقر شديد فرهنگى و اقتصادى، وجود كشتزارهاى مواد مخدر و ترانزيت اين مواد از طريق ايران به اروپا و حضور بيش از دو ميليون آواره افغانى در كشور از جمله مسائلى است كه موجب بروز مشكلات جدّى براى ايران و دغدغه خاطر مسئولين نظام شده است.

از يك طرف كودتاهاى پى در پى نظامى و به قدرت رسيدن دولت‌هايى با معيارهاى كمونيستى و نهايتاً تجاوز نيروهاى اتحاد جماهير شوروى و اشغال اين كشور در همان سال اول پيروزى انقلاب اسلامى و توقع و انتظارى كه گروه‌هاى جهادى افغان از انقلاب نوخاسته اسلامى ايران داشتند، مسئله افغانستان را در كانون سياست‌گذارى‌هاى رهبران انقلاب قرارداد.

حضرت امام (قدس سره) و به تبع ايشان دولت جمهورى اسلامى، سياست خود را در قبال افغانستان بر دو ركن قرار داد:

اول اين كه تجاوز روس‌ها به افغانستان محكوم گردد و حمايتى همه جانبه از ملت افغانستان در برخورد با نيروهاى متجاوز اعلام شود.

دوم اين كه تلاشى همه جانبه و هر چند كم‌ثمر، براى ايجاد وحدت ميان نيروهاى جهادى صورت گيرد و از طرف ديگر تلاش شود از گرايش اين نيروها به آمريكا براى مقابله با شوروى ممانعت به عمل آيد.

البته اين نكته را نيز نبايد فراموش كرد كه در مسايل مربوط به افغانستان همواره علاوه بر روسيه بازيگران بين‌المللى و منطقه‌اى ديگرى همچون آمريكا، عربستان و پاكستان نيز حضور داشته‌اند و نقش فعالى را بازى مى‌كرده‌اند. در دهه اول انقلاب اسلامى بر اساس سياست‌هاى مذكور با افغانستان بدين‌سان برخورد مى‌شد:

١. پذيرايى و قبول آوارگان افغانى با فراهم نمودن اردوگاه‌هاى خاص و همچنين اشتغال آنها در كشور.

٢. حمايت همه‌جانبه مالى، نظامى و فكرى از گروه‌هاى مبارز جهادى در برخورد با نيروهاى اشغالگر.

٣. حل و فصل اختلافات و درگيرى‌هاى ميان نيروهاى جهادى.

٤. مبارزه بى‌امان با ورود و ترانزيت مواد مخدر از افغانستان.