از اول هم كه ما- به حسب الزامى كه من تصور مى‌كردم- دولت موقت را قرار داديم خطا كرديم. از اول بايد يك دولتى كه قاطع باشد و جوان باشد، قاطع باشد بتواند مملكت را اداره كند [قرار مى‌داديم‌]، نه يك دولتى كه نتواند، منتها آن وقت ما نداشتيم فردى را كه بتوانيم، آشنا نبوديم [تا] بتوانيم انتخاب كنيم. انتخاب شد و خطا شد. و حالا هم كه دولت مى‌خواهد در مجلس شورا ايجاد شود حالا ما بايد اين مطلب را به مجلس شورا اعلام كنيم كه بايد يك دولت متديّن مقام، صددرصد اسلامى و قاطع [انتخاب شود]، يك نفر وزير اگر مثل بعضى از اين وزرا كه الان هستند باشد، اينها نپذيرند. تمام وزرا يكى يكى بايد بررسى شود. وزير متدين صددرصد انقلابى، مكتبى و قاطع. اگر ما دولتمان باز مثل سابق باشد و آنطور وضع و آنطور ديد را داشته باشد، ما بايد عزاى اين نهضت را بگيريم ... بايد مجلس قاطع باشد.[١]

با اين پشت‌گرمى، مجلس قاطعانه بر موضع خود پافشارى كرد و على‌رغم اينكه اولين كانديداى پيشنهادى بنى‌صدر براى نخست‌وزيرى از حزب جمهورى اسلامى بود، مجلس از پذيرفتن وى خوددارى كرد و در نهايت پس از مدتى تلاش و بررسى و تعيين هيئت مشترك بر نخست‌وزيرى شهيد محمدعلى رجايى‌[٢] توافق شد و او به عنوان دومين نخست‌وزير دولت جمهورى اسلامى انتخاب و مشغول به‌كار شد.

با اين همه، تضاد و درگيرى ميان دو نيروى ليبرال و خط امام كماكان ادامه داشت و اين اختلاف و تضاد بر سر انتخاب وزراى كابينه ميان بنى‌صدر و شهيد رجايى آشكارتر شد. از يك طرف بنى‌صدر با تكيه بر آراى يازده ميليونى خود معتقد بود كه نخست‌وزير بايد با برنامه‌هاى رئيس‌جمهور هماهنگ باشد و از طرف ديگر طبق قانون اساسى دولت به سرپرستى‌

[١]. سيد روح‌الله موسوى خمينى( امام)، صحيفه امام، ج ١٣، ص ٤٧.

[٢]. محمدعلى رجايى از دبيران آموزش و پرورش و از مبارزين متدين و متعهد بود كه از آغاز نهضت در سال ١٣٤٢ با امام همراهى نمود و در كنار شهيد باهنر مبارزات خود را عليه رژيم شاه آغاز و سال‌ها زجر، زندان و شكنجه ساواك را تحمل نمود. وى بعد از انقلاب به سرپرستى وزارت آموزش و پرورش منصوب شد.