جهتى نداشت كه مرحوم سيد به حرم پناه برد. او به حرم مطهر مشرف شده بود و مردم كه از زحمت و سختى محاصره به جان آمده بودند، رو به آستان مقدس آورده و به نزد جناب ميرزا مهدى از نادر ميرزا و بلاى قحطى و گرانى بناليدند. نادر ميرزا از غريو و غوغا كه آگاه شد، روى به آستانه مقدسه حركت كرد. شايد در اول امر به اميد آنكه غوغا را خاموش و مردم را متفرق كند، عظمت هنگامه را كه ديد گمان كرد كه شورش به تحريك و اشاره جناب ميرزا مهدى است، و بدين گمان باطل رو به حرم رفت.

در اين اثنا به سيد خبر دادند كه نادر ميرزا به جستجوى شما، رو به حرم مى‌آيد. سيد سنجيد كه اگر نادر ميرزا داخل صحن و حرم مطهر شود، شايد زدوخوردى به راه افتد، حرمت حرم شكسته شود و جمعى بى‌گناه تباه شوند. لذا، از حرم بيرون شده رو به بالا خيابان شتافت كه به نادر ميرزا بفهماند ستيزه گرى ديگر بيفايده است، خوانين خراسان با حسينخان قاجار همراهند و مردم هم تاب تحمل قحط و غلا ندارند. و اگر حاضر به تسليم شود، از وى شفاعت فرمايد كه به گوشه‌اى تبعيد شود؛ همان‌گونه كه در سال ١٢١٠ ه. ق نزد آقا محمّد خان قاجار وساطت كرد و نادر ميرزا به هرات تبعيد شد. به هرحال، سيد در مقابل دار الضيافة با نادر ميرزا روبرو شد و او شروع به ناسزا گفتن كرد. سيد تحمل نكرد و پاسخش را سخت بسزا داد. وى به سيد حمله كرد و به اشاره‌اش تيمور نام نسقچى با تبرزين به سر سيد فرود آورد، و نادر ميرزا خود لگدى چند به سينه و پهلوى وى زد و از بست بيرون شد و از شهر فرار كرد، ولى در خارج شهر گرفتارش كردند و سيد دو روز پس از آن درگذشت».[١]

[١]. حبيب، مقدمه ديوان ميرزا حبيب خراسانى، صص ٨٣- ٨٤.