امين الرعايا بر او خشم گرفت و در مجالس مردم، زبان به گلايه و شكايت از وى باز كرد و او را به كمى ديانت نسبت داد تا كم‌كم از چشم مردم بيفتاد و احترام سابق را از دست داد. او هم از مردم كناره گرفت و در زمينى كه داشت ساكن شد و به تأليف شرح مذكور پرداخت، تا آنكه پيك اجل به سراغش آمد و پيش از اتمام شرح درگذشت و الى اللّه ترجع الامور.[١]

فرزندان‌

از او فرزندانى دانشمند و شايسته به نام حجج اسلام آقايان: حاج ميرزا ابو القاسم امين الاسلام خويى، و ميرزا ابو الحسن و نواده‌اش مرحوم حجت الاسلام سيد عبد الحميد هاشمى موسوى از افاضل تهران برجاى ماند كه ادامه‌دهنده راه و روش وى بودند.[٢]

درگذشت‌

پس از آنكه ميرزا حبيب اللّه خويى چند جلد از شرحش را به پايان رسانيد، براى چاپ و تأليف بقيه آن به تهران رفت و آن را بر مظفر الدين شاه قاجار عرضه داشت كه موردقبول و پسند شاه قاجار قرار گرفت و به چاپ آن فرمان داد. سه جلد كتاب در سال ١٣٢٣ ه. ق به چاپ رسيد، اما در ماه صفر الخير ١٣٢٤ ه. ق، مرگ به سراغش آمد و در شهر هجرت و غربت در سن ٦٣ سالگى چشم از جهان فروبست و پيكر پاكش در صحن حرم حضرت عبد العظيم حسنى عليه السّلام در ايوان حجره اول سمت راست در ورودى- كه اكنون دفتر انتظامات است- مدفون شد و عالمى از علم و عمل را با خود به خاك برد.[٣]

[١]. حسينى خطيب، مصادر نهج البلاغه و اسانيده، ج ١، ٢٦٨- ٢٦٩.

[٢]. حسينى خويى، مقدمه منهاج البراعة، ج ١، ٦.

[٣]. شريف رازى، اختران فروزان، ١٦١.