سرانجام، مير حامد حسين به علت كار مداوم و بيمارى و خستگى ناشى از كار، در ١٨ صفر ١٣٠٦ ه. ق و در سن ٦٠ سالگى، در كتابخانه خود درگذشت. او حتى يك روز قبل از وفات، سرگرم كارهاى علمى‌اش بود. پس از وفات، پيكر پاكش را به خانه آورند و با مشايعت تمام مردم شهر، در حسينيه غفران مآب به خاك سپرده شد، و به لقب فردوس مآب شهرت يافت.[٤] در رثاى او، شعراى ايران، عراق و هند اشعار فراوانى سرودند. اين اشعار در مجموعه‌اى به نام القصائد المشكلة فى المراثى المثكلة گردآمده و دربرگيرنده ١٧ قصيده است.[٥]

ماده تاريخ وفاتش، «عبقات الانوار تبكيه‌آها» (١٣٠٦ ه. ق) است. مرثيه عربى آيت اللّه علامه ميرزا ابوالفضل تهرانى‌[٦] بسيار خواندنى است.[٧]

آيت اللّه مرعشى نجفى فرموده:

«يكى از مردان صالح و نيكوكار، مير حامد حسين را پس از وفاتش در خواب ديد، كه قيامت برپا شده و پيامبر اكرم صلّى اللّه عليه و اله و سلّم بر فراز منبرى قرار

[١]. همان، ص ٢٥٤.

[٢]. تهرانى، الذريعة، ج ١، ص ٣٩٩.

[٣]. ميلانى، نفحات الازهار، ج ١، ص ١٤٦.

[٤]. مرتضى حسين، مطلع انوار، ص ١٨٤.

[٥]. ميلانى، نفحات الازهار، ج ١، ص ١٣٨.

[٦]. تهرانى، ديوان اشعار، صص ٣٨٤- ٣٨٥.

[٧]. طباطبائى، الغدير فى التراث الاسلامى، صص ١٤٦- ١٤٧.