مير حامد حسين، در ٢٢ سالگى ناصر حسين درگذشت. از آن پس، تمام بار مرجعيت، تأليف و تدريس به دوش وى افتاد، و او بيش از نيم قرن به خدمت به دين و مذهب پرداخت. برخى از تأليفات وى عبارتند از:

١. المفرد فى وجوب السورة الثانية فى الركعتين (اولين تصنيف)

٢. تكميل، تتميم و تأليف عبقات الانوار (احاديث: منزلت، تشبيه، مدينة العلم، ثقلين و سفينه)

٣. نفحات الازهار فى فضائل الائمة الاطهار (١٦ جلد بزرگ).[١]

٤. اثباة رد الشمس لمولانا على عليه السّلام و دفع الشبهات‌[٢]

٥. فضايل امير المؤمنين عليه السّلام به روز خيبر[٣]

٦. مسند فاطمة بنت الحسين عليه السّلام‌[٤]

٧. اسباغ النائل فى تحقيق المسائل (٩ جلد): اين كتاب، مجموعه فتاواى فقهى است.[٥]

٨. ديوان اشعار به زبان فارسى، عربى و اردو[٦]

٩. خطبات‌[٧]

١٠. كتاب المواعظ[٨]

١١. الاثمار الشهية فى المنشآت العربية[٩]

[١]. مرتضى حسين، مطلع انوار، ص ٦٧١.

[٢]. تهرانى، الذريعة، ج ١، ص ٩٥

[٣]. همان، ج ١٩، ص ٢٢.

[٤]. مرتضى حسين، مطلع انوار، ص ٦٧١.

[٥]. مرتضى حسين، مطلع انوار، ص ٦٧١؛ تهرانى، الذيعة، ج ٢، ص ٣.

[٦]. همان، ج ٨٩، ص ١١٥٤.

[٧]. همان، ج ٧، ص ١٨٦.

[٨]. مرتضى حسين، مطلع انوار، ص ٦٧١.

[٩]. مرتضى حسين، مطلع انوار، ص ٦٧١.